משרד החוץ התייחס לטענה של חברת ישראייר שסלובניה מנעה נחיתה של מטוס ישראלי בשטחה, ומסר כי "ישראל הבהירה לרשויות הסלובניות שמדובר בצעד לחלוטין בלתי מקובל". עוד נכתב כי "בסלובניה צפויה לקום בקרוב ממשלה חדשה במקום הממשלה העוינת היוצאת, וישראל מצפה לשיפור משמעותי ביחסים בין המדינות".