יציאה וכניסה של תושבים דרך המעבר תתאפשר בתיאום של מצרים, לאחר אישור ביטחוני מקדים של התושבים על ידי ישראל, ובפיקוח של משלחת האיחוד האירופי, בדומה למנגנון שהופעל בינואר 2025 - בזמן הפסקת האש כחלק מעסקת החטופים השנייה.
חזרת התושבים ממצרים לרצועה תתאפשר בתיאום מצרים לתושבים שיצאו מעזה לאורך המלחמה בלבד, ורק לאחר אישור ביטחוני מקדים על ידי ישראל. מלבד זיהוי ובידוק ראשוני במעבר רפיח על ידי משלחת האיחוד האירופי, יבוצע בידוק וזיהוי נוסף בנקז שיופעל על ידי מערכת הביטחון בשטח שבשליטת צה״ל.
הפיקוח הצה"לי יהיה מרחוק, לא פיזי עם חיילים, אלא באמצעות מכשירי מעקב. המעבר בטרמינל ששוקם ינוהל על ידי עובדים פלסטינים ונציגים מגוף בינלאומי של האיחוד האירופי.
המצרים יעבירו לישראל מדי יממה את רשימת מאות החוצים במעבר ליממה הבאה, לשני הכיוונים. בשלב הראשון כמה מאות יעברו מדי יום בגלל קיבולת המעבר, עד שישודרג ואז התפוקה בו תעלה. ישראל תאפשר גם למחבלים זוטרים שנפצעו במלחמה לצאת מהמעבר אם ירצו, ובעיקרון לכל היוצאים תהיה הרשות לשוב.
בינתיים רק הולכי רגל יחצו בו, מסיני ולסיני. יש עשרות אלפי עזתים שצפויים לחזור כך לרצועה, במיוחד אלו שיצאו בתחילת המלחמה או מטעמים רפואיים הומניטריים. חמאס דורש שיעברו שם גם סחורות לעזה, אך בצה"ל מתנגדים נחרצות לכך.
