התחקיר הראשוני מצא שהכוח ירה 4 פגזים, וכעת נחשף התיעוד שמראה ששניים מהם, בפער של שניות: ברשת CNN הציגו הלילה (בין רביעי לחמישי) סרטון חדש מהתקיפה בחאן יונס, שבו נראים שני פגזים פוגעים אחד אחרי השני במדרגות בבית החולים נאסר. תשע דקות חלפו בין שתי התקיפות, שבהן לפי הרמטכ"ל אייל זמיר זוהו פערים בהליך האישורים ובשימוש בחימוש.

בתיעוד החדש שנחשף נראים שני הפגזים פוגעים אחד אחרי השני - בפער של שניות - בגרם המדרגות. אחד פגע באנשי הצוות הרפואי שהגיעו למקום, והשני התפוצץ באותה נקודה כעבור שניות. ב-CNN נכתב כי הפגזים נראים מדגם M339.
בצה"ל אמרו כי יעד התקיפה הייתה מצלמה ששימשה את מחבלי חמאס בבית החולים. לפי CNN, המרפסת בקומה הרביעית בבית החולים נאסר שימשה למצלמה בשידור ישיר של רויטרס, AP וכלי תקשורת עולמיים נוספים. עיתונאים השתמשו במקום גם כנקודה להעלאת חומרים הודות לקליטה הסלולרית שם.
ב-ynet פורסם שלשום כי צה"ל ניסה כבר ביום חמישי שעבר לפגוע במצלמה שאותרה, ושעל פי החשד שימשה למעקב אחר לוחמים. כוח צה"ל שזיהה את המצלמה בחמישי ביקש וקיבל אישור מגורם בכיר בפיקוד לפגוע בה. ואכן, נעשו ניסיונות להשמיד את המצלמה באמצעות רחפן - אך ללא הצלחה.
בשל כך, הגיע כוח של טנקים - שלא ביקש אישור מחודש, שכבר היה קיים מבחינתו - ושיגר ארבעה פגזים בשני מטחים לעבר המצלמה. כעת נבדק מדוע שוגרו ארבעה פגזים, שלפי צה"ל גרמו למותם של שישה מחבלים. מלבדם נהרגו גם חמישה עיתונאים, ולפי הפלסטינים - מספר ההרוגים הכולל בתקרית עומד על 20 - כלומר 14 מהם בלתי מעורבים בטרור.
1 צפייה בגלריה
הפגזת בית חולים נאסר
הפגזת בית חולים נאסר
תקיפת בית החולים בחאן יונס
(צילום: CNN)
לצד התחקיר הראשוני שפורסם, הדגיש הרמטכ"ל זמיר כי צה"ל מכוון את פעולותיו אל עבר מטרות צבאיות בלבד, ובכל מקרה בית חולים מוגדר תמיד לכוחות כ"איתור רגיש" שאסור לתקוף אלא באישור חריג של קצין בכיר מאוד או לאחר סט של פעולות מקדימות, ובטח לא באש סטטיסטית או בכינון ישיר.
במסגרת הודעת צה"ל נכתב כי מהתחקיר, שהוצג לרמטכ"ל על ידי מפקד פיקוד הדרום יניב עשור, עולה כי כוחות חטיבת גולני, הפועלים באזור חאן יונס לסיכול והשמדת תשתיות טרור, איתרו מצלמה שהוצבה על ידי חמאס בשטח בית החולים. המצלמה נחשדה כצופה על פעילות הלוחמים ובכך מכווינה פעילות טרור נגד הכוחות. מסקנה זו התחזקה, בין היתר, על רקע השימוש הצבאי של ארגוני הטרור בבתי החולים לאורך הלחימה, ולאור מידע מודיעיני כי חמאס משתמש בבית החולים נאסר לצורך פעילות טרור.
בשל כך, הסבירו בצה"ל, הכוח פעל להשמדת המצלמה והתחקיר העלה כי הכוח פעל למטרת הסרת האיום. הרמטכ"ל קיבל את המסקנות הראשוניות והליקויים שהוצגו והנחה על השלמת תחקיר מלא. זמיר ציין כי חמאס עושה שימוש ציני באופן שיטתי באתרים רגישים ותשתיות אזרחיות כמו בתי החולים, ומבצע באמצעותם איסוף חזותי נרחב ומוסווה וכן הכוונת פעולות טרור נגד כוחות צה"ל.
כלי התקשורת המובילים בעולם סיקרו בהרחבה את תקיפת צה"ל. "20 נהרגו בתקיפה הישראלית על בית החולים - בהם חמישה עיתונאים", נכתב בכותרת הראשית של BBC. גם ב"וושינגטון פוסט", "ניו יורק טיימס", CNN ו-CBS סיקרו את התקיפה.