צה"ל הגיב באופן חריג לפרסומים ולפיהם אלוף במיל' יואב (פולי) מרדכי, בעבר מתאם פעולות הממשלה בשטחים, ראש המנהל האזרחי ודובר צה"ל, נחקר באזהרה בפרשת "קטאר-גייט" בחשד לקבלת שוחד. "מבלי להתייחס לחקירה המתנהלת מחוץ לצה"ל, האלוף מרדכי נמצא בשירות מילואים מאז תחילת המלחמה, וממשיך בשירותו", מסר דובר צה"ל. "האלוף מרדכי כפוף למפקדת החטופים ורתום באופן מלא למפקדת החטופים, הוא אינו מנהל מו"מ ישיר עם המתווכות, אך תרומתו משמעותית ביותר ולעיתים אף קריטית למאמץ. לכל אורך הדרך עמדותיו המקצועיות היו אמיצות ונטולות פניות ותרמו רבות לעשייה".