ברוב של שניים מול אחד, דחה הבוקר (ראשון) בג"ץ את העתירות נגד מינויו של דוד זיני לראש השב"כ. נשיא העליון, השופט יצחק עמית, שהיה בדעת מיעוט, תמך בקבלת העתירות בדרך של החזרת המינוי של זיני לדיון נוסף בוועדה למינוי בכירים.
לדברי הנשיא עמית, "החלטת המינוי, במתכונת שבה התקבלה, מעוררת קושי המצדיק הוצאת צו על-תנאי המורה למשיבים לנמק מדוע לא יוחזר עניינו של זיני לוועדה המייעצת לצורך השלמת הנמקתה". בין היתר, ציין עמית שלא נבחנה לעומק סוגיית הממנה, קרי ראש הממשלה בנימין נתניהו.
הוועדה למינוי בכירים, לדברי עמית, "נמנעה מלבחון את טוהר המידות במובן הרחב של הגורם הממנה. בעשותה כן הפכה באופן שגוי את ההסכמות למקור המצמצם את סמכותה".
נשיא העליון הדגיש כי "היעדר התייחסות לטענות כבדות משקל שהועלו בפני הוועדה - לרבות אלו הנוגעות לרקע שהוביל למינוי, להתנהלות ראש הממשלה, ולאפשרות קיומם של שיקולים זרים במינוי - מותיר את החלטת הוועדה ללא בסיס עובדתי ומשפטי מספק. במצב דברים זה סבר הנשיא כי העותרים עמדו בנטל הראייתי הראשוני להצביע על פגם לכאורי בהחלטת המינוי ועל הצורך להחזיר את עניינו של זיני לוועדה המייעצת לצורך השלמת הנמקתה".
מנגד, המשנה לנשיא העליון, השופט נעם סולברג, קבע: "רבות מן הטענות שהועלו במסגרת העתירות, באשר לטוהר מידותיו של ראש הממשלה כגורם הממנה, הן טענות שכלל לא ניתן היה להעלות". הוא ציין בטענתו את ההסכמה שאליה הגיעו הממשלה והעומד בראשה, עם הייעוץ המשפטי במסגרת הליך קודם בעניין מינויו של ראש שב"כ, ללא קשר למינויו של זיני: "ההסכמה. האמורה קיבלה תוקף של החלטה משפטית, וצוין בה במפורש כי היא תביא לסיום הדיון בטענות בדבר ניגוד עניינים של ראש ממשלה".
השופט סולברג דחה גם את הטענות נגד מינויו של זיני עצמו, ואף את הטענות נגד עבודת הוועדה שבחנה את כשירותו. הוא ציין בהמשך כי "בהתאם להלכה הפסוקה, בכל הנוגע להתערבות במינויים המתבצעים על-ידי הממשלה, בפרט לתפקידים בכירים דוגמת ראש השירות - על בית המשפט לנקוט זהירות רבה; על אחת כמה וכמה, כשהמינוי נבחן על-ידי הוועדה המייעצת, שלה מומחיות מיוחדת בכל הנוגע לבחינת היבטים אלה".
השופט דוד מינץ', שגם תמך בדחיית העתירות, אמר: "כשרות 'הממנה' קיבלה הן את הסכמת הייעוץ המשפטי לממשלה והן את ברכתו של בית המשפט. מסקנה שלפיה היה על הוועדה המייעצת לשוב ולבחון את כשרותו של הגורם הממנה מעקרת מתוכן את ההסכמות שהושגו, ואין בידי לקבלה".
בג"ץ, כזכור, נמנע מהוצאת צו ביניים עם קבלת העתירות ואפשר לזיני להתחיל בינתיים בתפקידו כראש השב"כ לאחר האישור שהתקבל בממשלה. השופט חאלד כבוב קבע אז כי "העתירות תוקפות את המינוי הנ"ל משלל היבטים. לאחר ששקלתי את הנטען בעתירות למול הסוגייה שעל הפרק, ועיינתי בחומר הרב שהונח לפתחי – לא מצאתי לנכון להוציא צווי ביניים שימנעו את כניסת המינוי לתוקף".
ההערכה שהתגבשה בעקבות המהלך היא שבג"ץ לא צפוי להתערב או לפסול את המינוי, כפי שאכן לא עשה בסופו של דבר. גם היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה לא המליצה לפסול את בחירתו. בחוות דעת שהעבירה כתבה כי אומנם יש קשיים משפטיים במינויו, אך אין מניעה משפטית.
