גם לאחר ש"אלטלנה" עלתה בלהבות, המשיך מנחם בגין בתביעה לחקור את הפרשה עד תום. עד שנת 1956 הועלה הנושא לדיון בכנסת מעת לעת. בן-גוריון וחבריו לשמאל האשימו את בגין ואצ"ל בהפרת חוקי המדינה בהשלטת הפקרות לאומית, אלימות, במרד ובהתנקשות בריבונות המדינה. מנגד בגין וחבריו האשימו את ב.ג ואנשיו בהפרת חוקי המדינה, בהשמדת הנשק למלחמת שחרור, במרד ובהתנקשות בריבונות האומה. בגין וחבריו האשימו את מאשימיהם במעשי עלילות דם, בקשירת קשר, ברציחת אחים בדם ובהפקרת המדינה למלחמת אחים. עמדתו בעניין זה תאמה עמדתם של מרבית מנהיגי מפלגות הימין, שראתה בקו-הדם בין-יהודי בסיס מוסרי. כדברי בגין: "מלחמת אחים לעולם לא תהיה..." בן-גוריון: "אני הוריתי לתת פקודה להשתמש בכוח צבאי על אוניה זו". בגין: "תתן את הדין על כך". בן-גוריון: "הבאתם נשק למען ארגון מחתרתי קיים". בגין: "את הנורא במעשייך עשית- דמי נקיים שפכת".
(צילום: שאול גולן)
הוא שב והציג דרישה לחוקק חוק ועדת חקירה לפרשת "אלטלנה", שנתמכה על ידי בית הדין העליון בהרכב אנשיו. היריבות העמוקה נמשכה שנים רבות. ואולם, בניסיון הידברות של בגין ובן-גוריון גברו את קרבתם, ובגין, שזכה להיות שותף לממשלת ליכוד לאומי, סלח לבן גוריון.
מנגד ב.ג הבטיח: "ביום מן הימים, כשייכתב ספר על ימים אלה יוכל לשפוט מי צדק ומי שגה בפרשת 'אלטלנה'". ומאחר שבן-גוריון לא הסכים לכך, המשיך לנקוט באותו הקו בתקיפות רבה. שנים רבות שמר על איבה ליריבו, וכינה אותו בשמות גנאי, שבשעתו הצמיד לז'בוטינסקי כגון: בוגד, עריץ, צבוע, רוצח המוני, פחדן, נבזה, פאשיסט, סדיסט... ועוד כהנה וכהנה. ואיכשהו נושא פרשת "אלטלנה" שורבבה פה ושם במריבותיהם. שמעון פרס, סגנו של בן-גוריון אמר בפגישה עם סטודנטים בחיפה בשנת 1984: "הייתה כאן הכרעה טראגית על ה'אלטלנה'. ואם הממשלה והכנסת יחליטו לחקור בנסיבות אלה - יהיה מקום לחקירה".
בשנת 1967, בסמוך לבחירות לכנסת, הכריז בן-גוריון באסיפת עם באשדוד: "אני מוכן שתוקם ועדת חקירה לכל פעולותיי, ואפילו בפרשת אלטלנה. ייתכן ששגיתי". בגין אימץ את אמירתו של יריבו ואמר באסיפת עם ברעננה "אם תמכו בכנסת בוועדת חקירה מורכבת משלושה שופטים שתבדוק את כל הקשור באלטלנה", אלא שמצידו של בן גוריון לא הגיע מענה. דב שלנסקי, שעלה לישראל על האלטלנה, תבע להעמיד את בן גוריון לדין. הם מעולם לא סלחו לו על מעשה האלטלנה וראו בו, ואך ורק בו, את האשם והאחראי לאסונם. אלא ש"מלחמות היהודים" בתוך מפא"י- הייתה רעה לבן גוריון.
והנה, במאי 1967, ערב מלחמת ששת הימים, ראש האופוזיציה מנחם בגין הציע להקים ממשלת ליכוד לאומי, בהנהגת יריבו הגדול ד. בן-גוריון עקב חומרת המצב המדיני-ביטחוני המחייב את ליכוד כל הכוחות הציוניים בעם. בגין האמין כי חרף גילו המופלג יוכל בן גוריון להקים ממשלה חדשה שתוכל להנהיג את המלחמה הניצבת בשעריו. הרעיון אמנם לא מומש אבל יחסי ד. בן-גוריון קיבלו צביון חדש ושונה מאשר עד כה, ובן גוריון קיבל את קרבתו של בגין.
בין השאר בן גוריון כתב לבגין את מה שכינה "כמה הערות אישיות". היה זה גילוי לב נדיר. וכך כתב: "פולה שלי (דהיינו רעייתו) הייתה תמיד מעריצה שלך (של בגין) משום מה. אני הייתי מתנגד לפעמים תכופות לדרכך לפני המדינה. ולאחר קומה, כאשר הייתי מתנגד לדרכו של ז'בוטינסקי ז"ל. כשנבחרתי ב-1933 להנהלה הציונית נסיתי לבוא בדברים איתו ונהפכנו לידידים אם כי חבריי דחו את ההסכם שסידרנו שנינו בסוף 1934 התנגדתי מאוד לכמה עמדות ופעולות שלך (המשיך בן גוריון במכתבו לבגין) גם אחרי הקמת המדינה כי לדעתי היה הצדק איתי. (כל איש מסוגל לטעות מבלי שירגיש בכך) אבל מבחינה אישית לא הייתה לי אף פעם טינה אישית נגדך וככל שהכרתי אותך יותר בשנים האחרונות- הוקרתי אותך יותר ופולה שלי שמחה על כך".
מענהו של בגין היה ידידותי מאוד: "מדברייך על יחסך של רעייתך, הגברת פולה ז"ל, נגעו לעומקי ליבי. היא ידעה כי הנני מעריך את חוכמת החיים שלה (והמשיך בפיזור מחמאות). הנך מציין כי התנגדת לכמה עמדות ופעולות שלי לפני הקמת המדינה ואחריה. הנך מוסיף ומדגים כי לפי הכרתך גם בימים אלה- אתה הוא שצדקת בימים ההם. טבע אנוש הוא לטעון כך ועם נטיה טבעית אי אפשר להתווכח. אבל בוודאי ברור, כי על ידי קביעה זו הנך מזמין את היפוכה". ובגין סיים את מכתבו בהערכתו הבאה: "אין אני חייב להשתמש בניסוחייך, אבל זכותי וחובתי לומר לך כי שללתי מספר עמדות שנקטת ומעשים שעשית או ציווים לעשותם לפני חידוש עצמאותינו ואחריה. ובחושבי על הימים ההם הריני משוכנע גם היום כי עמדתי לגביהם הייתה צודקת ומוצדקת."
במשפט הסיום חלקו שני הדוברים בן גוריון ובגין כבוד הדדי זה לזה. אני מסיים בחליפת מכתבים זו פרט יסודי, כך אני מקווה בתפילת היום. "אתה חונן לאדם דעת ומלמד לא אנוש בינה.. חננו מאתך חוכמה בינה ודעת".
שלמה נקדימון הוא לשעבר עיתונאי "ידיעות אחרונות", יועצו של מנחם בגין, ומחבר הספר "אלטלנה"