במשרד מבקר המדינה הגיבו לפניית הסנגוריה הצבאית, שטענה כי "הסמכות לבדיקת אירועי 7 באוקטובר שמורה לוועדת חקירה ממלכתית בלבד", ומסרו כי "אנחנו רואים בחומרה רבה את ההודעה על 'היעדר סמכות' למבקר המדינה לקיים ביקורת על אחד הכשלים החמורים בתולדות מדינת ישראל. מדובר בניסיון להתכחש להוראה מפורשת של חוק יסוד מבקר המדינה. הביקורת על אירועי 7 באוקטובר מתבצעת על כלל הדרגים - המדיני, הצבאי והאזרחי. ככל התקום ועדת חקירה ממלכתית, המבקר יתאם איתה גבולות גזרה".