ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיב לתשובת מבקר המדינה לבג"ץ, שכתב כי "ישנם בעלי תפקידים, בדרג המדיני ובדרג הצבאי, שחשפו לציבור פרטים מהותיים מתוך הליכי הביקורת - התנהלות זו אינה תקינה". מלשכת נתניהו נמסר כי "ראש הממשלה פרסם את הפרוטוקולים בהתאם לסמכותו כדי לחשוף את האמת לציבור לאחר שבג"ץ עצר את בדיקת המבקר. הדרך היחידה לחשוף את האמת כולה היא באמצעות ועדת חקירה שוויונית ובלתי תלויה, שתייצג את כלל הציבור ויוצגו בפניה כל החומרים".