דובר צה"ל התייחס לתקיפת בית החולים בחאן יונס ומסר כי "מפקד חטיבת חאן יונס מוחמד אבו איסמאעיל שהיה יעד התקיפה, היה מעורב בהחזקת חטופים רבים בשבי חמאס במהלך המלחמה - גם בתוך בית החולים. בדומה לבתי חולים נוספים ברצועת עזה, בית החולים נאצר שבחאן יונס משמש את ארגון הטרור חמאס. כך למשל הקומה השנייה בבית החולים משמשת כמפקדה צבאית של ראשי הארגון ואזרחים לא מורשים להיכנס אליה. טרם התקיפה ננקטו צעדי זהירות על מנת לצמצם ככל הניתן פגיעה במבנה בית החולים ובבלתי מעורבים".