מבקר המדינה פרסם דוח משלים על מיגון בתי חולים, ופירט את הפערים בבתי חולים מסוימים - בעיקר הקרובים לגבול. בהתאם לחוק הוחלט לפרסם רק חלקים ממנו. המבקר הדגיש כי בעת הסלמה ביטחונית נאלצים בתי חולים אלה לצמצם שירותים, "ובכך עלולה להיגרם פגיעה ביכולת המענה הרפואי בחירום". הוא ציין כי כמה בתי חולים עברו לפעילות במתחמים מוגנים בלבד במהלך המלחמה, ובאחד מהם נסגרה מחלקה באוקטובר 2023 ולא חזרה לפעילות חלקית עד יולי 2024 - כשבאותו מחוז קיים מחסור כללי במיטות, כך שרוב המטופלים הופנו לבתי חולים אחרים.