כשברקע הפסקת האש מול איראן והלחימה בדרום לבנון, תשומת הלב של צה"ל מופנית גם ליהודה ושומרון ולרצועת עזה. במהלך מבצע "שאגת הארי" פעלו כוחות צה"ל ביו"ש בעצימות מוגברת כדי לא לאפשר לגורמי טרור לנצל את המצב, ולשמר את הגזרה כזירה משנית.
במהלך המבצע, תוגברה האוגדה במספר רב של גדודים שהתחלפו וירדו מתעסוקה לסירוגין. הם התמקדו במשימות התקפה, יחד עם הגדודים שבתעסוקה שוטפת, שהמשיכו במשימות ההגנה. במהלך המבצע ביצעו כוחות צה"ל יותר מ-6,600 פעילויות התקפיות, שבמהלכן עצרו יותר מ-550 מבוקשים - ביניהם יותר מ-50 מעצרי הסתה - וכן החרימו יותר מ-170 נשקים, 10 מחרטות, 280 רחפנים ויותר ממיליון שקל המיועדים לשימוש בטרור.
במהלך המבצע אף סיכלו הכוחות ארבעה פיגועים אפשריים, כולם מול כוחות צה"ל או כוחות הביטחון וכולם ללא נפגעים, עם מחבלים מחוסלים או מנוטרלים. בחטיבת אפרים הכוחות איתרו במעבדה מגוון אמצעי לחימה וחומרים המשמשים להכנת מטעני חבלה ובהם מטענים מאולתרים, כ-200 מטעני צינור, מטפים המיועדים להצמדת מטענים לרכבים, בלוני גז גדולים בעלי פוטנציאל לשמש כמטעני גחון המיועדים לפגיעה בכלי רכב משוריינים ויותר מ-50 ק"ג של חומר נפץ מאולתר. בפיקוד המרכז מדגישים כי מצבור האמל"ח היה בזירה עוד לפני שהכוחות נכנסו לשם לפני כמה חודשים - ואותרו כעת.
יחד עם זאת, באוגדת איו"ש מוטרדים מאוד מאירועי הפשיעה הלאומנית שהולכים ומתגברים, ואיתם גם החיכוכים שמתרחשים מדי יום בין רועי צאן יהודים לפלסטינים. במהלך המלחמה המשיכו נערי הגבעות לעלות לחוות ולמאחזים בלתי-חוקיים בשטחי A ו-B ובכך מתחו את כוחות האוגדה עוד יותר. החשש בקרב גורמי ביטחון הוא מהסלמה וערעור המצב הביטחוני כתוצאה מאירועי הפשיעה הלאומנית.
גורמי ביטחון מותחים ביקורת על גורמים שונים בהתיישבות שקוראים לצעירים לטשטש את הגבולות של שטחי B, A ו-C, וטוענים כי הדבר מייצר אצל אותם נערים תחושה שיש להם גב. הקמת המאחזים בלב שטחי A ו-B מייצרת חיכוך גבוה בין הפסלטינים לבין היהודים, שברוב המקרים מסתיים עם נפגעים.
