גם לאחר שאלטלנה עלתה בלהבות, המשיך מנחם בגין בתביעה לחקור את הפרשה עד תום. עד שנת 1956 הועלה הנושא לדיון בכנסת מעת לעת. בן גוריון וחבריו לשמאל האשימו את בגין ואצ"ל בהפרת חוקי המדינה בהשלטת הפקרות לאומית, אלימות, במרד ובהתנקשות בריבונות המדינה. בגין וחבריו האשימו את בן גוריון ואנשיו בהפרת חוקי המדינה, בהשמדת הנשק למלחמת שחרור, במרד ובהתנקשות בריבונות האומה.
היריבות העמוקה בין בגין לבן גוריון נמשכה שנים רבות. בשנת 1967, בסמוך לבחירות לכנסת, הכריז בן גוריון באסיפת עם באשדוד: "אני מוכן שתוקם ועדת חקירה לכל פעולותיי, ואפילו בפרשת אלטלנה. ייתכן ששגיתי". בגין אימץ את אמירתו של יריבו והציע באסיפת עם ברעננה "ועדת חקירה של שלושה שופטים שתבדוק את כל הקשור באלטלנה", אך מצידו של בן גוריון לא הגיע מענה.
מנחם בגין
מנחם בגין
מנחם בגין
(צילום: דוד רובינגר)
אלא שבמאי 1967, ערב מלחמת ששת הימים, בגין שכיהן אז כראש האופוזיציה הציע להקים ממשלת ליכוד לאומי, בהנהגת יריבו הגדול בן גוריון, עקב חומרת המצב המדיני-ביטחוני המחייב את ליכוד כל הכוחות הציוניים בעם. בגין האמין שעל אף גילו המופלג אז, יוכל בן גוריון להקים ממשלה חדשה לקראת המלחמה הניצבת בשער. הרעיון אמנם לא מומש, אבל יחסי בגין ובן גוריון קיבלו צביון חדש ושונה מאז.
גם בחילופי מכתבים מאוחרים יותר ביניהם ניכרה ההתחממות היחסים. "התנגדתי מאוד לכמה עמדות ופעולות שלך, גם אחרי הקמת המדינה, כי לדעתי היה הצדק איתי (כל איש מסוגל לטעות מבלי שירגיש בכך)", כתב בן גוריון לבגין. "אבל מבחינה אישית לא הייתה לי אף פעם טינה אישית נגדך וככל שהכרתי אותך יותר בשנים האחרונות - הוקרתי אותך יותר, ופולה שלי שמחה על כך". בגין ענה בידידות ובחום רב וכתב לבן גוריון שדבריו נגעו לעמקי ליבו.
השרים בן גביר ואליהו הודיעו שהם גילו את אלטלנה בשלמותה. זו כנראה אצבע אלוהים, כי אני ראיתי אותה בהטבעתה
בגין ובן גוריון כבר אינם כאן כדי לשמוע על איתור שרידי האונייה שבמשך שנים רבות גרמה לעימותים ביניהם. אבל אין בכך דבר. למעשה, בארכיונים שונים כבר נמצאים שרידים של האונייה. להגיד 'איתרנו את אלטלנה כמו שהייתה' – זה לא ייתכן. השרים בן גביר ואליהו הודיעו שהם גילו את אלטלנה בשלמותה. זו כנראה אצבע אלוהים, כי אני ראיתי אותה בהטבעתה. כל החלק העליון שלה פורק והועלה באש, ומה שנשאר – החלק התחתון בלבד – הוטבע. כך שבשלמותה היא לא יכולה להימצא. מעבר לכך, בארכיונים של אצ"ל נכתב בדיוק המקום היכן נמצא החלק שהוטבע.
שלמה נקדימון הוא לשעבר עיתונאי "ידיעות אחרונות", יועצו של מנחם בגין, ומחבר הספר "אלטלנה"
פורסם לראשונה: 00:10, 25.08.26