הסערה ברחובות תל־אביב הגיעה כצפוי במהירות גם למערכת הפוליטית. ראש האופוזיציה האשים את הגרעין החרד"לי בכך ש"הביא אלינו את המלחמה", ומנגד ראש הממשלה תקף את "הקיצונים משמאל שהתפרעו נגד יהודים בעת תפילתם".
נתניהו כתב בתגובתו: "עם ישראל ביקש להתאחד ביום הכיפורים בבקשת סליחה, מחילה ואחדות בתוכנו. לתדהמתנו, דווקא במדינת היהודים, ביום הקדוש ביותר לעם היהודי, מפגיני שמאל התפרעו נגד יהודים בעת תפילתם. נראה שאין גבולות, אין נורמות ואין סייג לשנאה מצד הקיצונים משמאל. אני, כמו רוב אזרחי ישראל, דוחים זאת. אין להתנהגות אלימה כזאת מקום בתוכנו".
ראש עיריית תל־אביב־יפו, רון חולדאי, הותקף בשל העובדה שהאיסור על ההפרדה לא נאכף. "החלטתי לאחר דיון מעמיק בשילוב הגורמים העירוניים ומשטרת ישראל, חצי שעה לפני כניסת החג, לא להכניס כוחות משטרה על מנת לבצע אכיפה בערב כיפור תוך כדי קיום התפילה, על מנת לא לייצר הסלמה מיותרת ולשמור על קדושת החג", הסביר. לדברי חולדאי, "אכיפה והפעלת כוח הייתה עלולה להבעיר את השטח ולייצר הסלמה מיותרת".
למרות הדברים הללו, בראיון לחדשות 12 הודה חולדאי שייתכן שהיה פועל אחרת בדיעבד, גם לנוכח העובדה שלמוקדים אחרים בעיר נשלחו אמש פקחים כדי לוודא שאין תפילות בהפרדה.
ראש העירייה האשים "גורמי קיצון דתיים ומשיחיים" שהחליטו "לרמוס את החלטת בית המשפט והקימו הפרדה בין גברים לנשים בתפילה". לדבריו, "לא אתן לשנות את אופיה של העיר שלנו. גורמים שלא יכבדו את הוראות החוק לא יקבלו יותר היתרים לפעול במרחב הציבורי". חולדאי הפנה אצבע מאשימה לממשלה. "כשהמנהיגות נמנעת מלהגיד בפה מלא שאת פסיקות בג"ץ יש לקיים, היא פותחת צוהר לגורמי קיצון לקחת את החוק לידיים".
ראש האופוזיציה, יו"ר יש עתיד יאיר לפיד, פירסם בצאת כיפור פוסט שכותרתו "חבל שבשם האל קלקלו את יום הכיפורים". לפיד כתב: "שנים אני נותן את יום הכיפורים כדוגמא לכך שהיהדות לא צריכה שיאכפו אותה. היא הופכת להיות של כולנו רק כשאנחנו מתחשבים אחד ברגשות השני. עד השנה. עד שהגרעין החרד"לי שהגיע לשכונה החליט להביא גם אלינו את המלחמה".
השר לביטחון לאומי ויו"ר עוצמה יהודית איתמר בן גביר עידכן שביום חמישי יקיים תפילת ערבית בכיכר דיזנגוף, והזמין את הציבור. לטענתו, "ביום הכיפורים הזה ראינו שונאים שמנסים לגרש את היהדות מהמרחב הציבורי. ישראל היא מדינה יהודית! ודמוקרטית".
שר האוצר ויו"ר הציונות הדתית, בצלאל סמוטריץ', כינה את התושבים שמנעו תפילה בהפרדה "קומץ שורפי אסמים אלימים בגיבוי יאיר לפיד שהדליקו אש וחיללו את היום הקדוש". לדברי סמוטריץ', "אין לי ספק שהרוב המוחלט של העם, מימין ומשמאל, מתנער מהם בכל תוקף. יהודים אנחנו. אחים אנחנו".
יו"ר המחנה הממלכתי בני גנץ תקף את נתניהו: "75 שנה הצליחו ציבורים לכבד האחד את השני למרות השוני, ולא הכניסו פוליטיקה ליום הכיפורים. ומי אם לא ראש הממשלה, מחולל השנאה הגדול ביותר, הוא זה שבוחר כעת ללבות את האש. אני קורא לכל המנהיגים לגלות אחריות, ולהפסיק את השיח ואת המעשים מחרחרי המדון. יש מי שמדרדרים אותנו למלחמת אחים, המשימה של כולנו היא למנוע אותה".
