במקום שפורום המנכ"לים יפעל ימים ולילות בתיאום על מנת לסייע לאזרחי ישראל באחת משעותיה הקשות של המדינה, בכירים במשרדי הממשלה מעידים על תיאום לקוי ומפנים אצבע מאשימה למנכ"ל משרד ראש הממשלה יוסי שלי. כך, למשל, 22 מתוך 30 המנכ"לים כלל לא עלו לישיבת הפורום שהתקיימה בשיחת וידיאו ביום שבת והסתפקו בשליחת נציג מטעמם בלבד.
בין היתר נעדרו מהשיחה המנכ"לים של משרדי הביטחון, החוץ, האוצר, הבריאות והשיכון כאשר מנכ"לים הסבירו שלא רצו "לבזבז זמן בישיבות של שלי". את הישיבה ניהל שלי עצמו, מרכבו. בינתיים מקימים המנכ"לים מנהלות נפרדות וחמ"לים כמו במשרד הבריאות, משרד הרווחה ומשרד החוץ, זאת כאשר ברקע למהלכים טוענים פקידים בכירים שהזירה האזרחית מופקרת וכי אין לתושבי הדרום כתובת מסודרת. כדוגמה נותנים הפקידים הצעה של אחד המנכ"לים להקים תחנות סיוע מרוכזות בבתי המלון ובבתי החולים למען המפונים, כאשר לדבריהם שלי התנגד למהלך. עוד על פי פקידים בכירים, התנהלותו של מנכ"ל משרד ראש הממשלה מלווה בצרחות ובאלימות מילולית. זאת לאחר ששלי ספג בשבוע האחרון גם ביקורת ציבורית על אמירתו כי "הייתה את המסיבה שתרמה לכל הכאוס". דוגמה נוספת למתיחות בסביבת לשכת ראש הממשלה היא במינוי של משה אדרי – ראש הוועדה לאנרגיה אטומית – לראש המינהלת לשיקום עוטף עזה שגרר ביקורת מתוך הממשלה. שר הפנים משה ארבל תהה כיצד ההנחייה ניתנה מבלי לעדכן את השרים ומבלי להגדיר את שאלת הסמכויות, וביקש שהמינהלת תוכפף למשרדו. בנוסף, גם שר האוצר סמוטריץ' ביקש להמתין עם החלטת הממשלה על מינויו של אדרי עד לאחר בחינת הנושא.
בסביבתו של שלי דחו את טענות המנכ"לים ומסרו כי "חבל שיש אנשים שמתעסקים ברכילות בזמן מלחמה". עוד הם טענו: "בשבת קיים המנכ"ל שיחת זום מעיריית אשקלון בין אזעקות. בגלל בעיות טכניות לא שמעו טוב את הדוברים, היו צעקות ואחרי חצי שעה הגיע המנכ"ל למסקנה שהשיחה לא מתנהלת בצורה מכובדת, החליט לעצור את שיחת הזום והיא כונסה לאחר ששלי הגיע למשרד רה"מ. שלי אולי לא האיש הכי נחמד וצועק לפעמים, אבל הוא עושה את המקסימום ומוצא פתרונות לבעיות".
