סוגיית הטלת עונש מוות על מחבלים ומבצעי מעשי זוועה על רקע לאומני, היא בראש ובראשונה החלטה פוליטית, אך לפני כן תתגלגל בקרוב מאוד להמלצת מערכת המשפט. מאז קום המדינה המערכת המשפטית הסתמכה בהתנגדותה לחקיקת עונש מוות בעיקר על גופי מערכת הביטחון – צה"ל, שב"כ, המוסד והמל"ל – שהתנגדו לה בתקיפות. היועצים המשפטיים לממשלה הסתמכו בהתנגדותם על אלה, והוסיפו נימוקים משלהם. בכל השנים הם הצליחו לשכנע את ראשי הממשלה והקבינטים, שמנעו את החקיקה.
אלא שהטבח הנוראי ביישובי העוטף מעלה עתה שוב, ביתר שאת, את הסוגיה, ולא בטוח שהמערכת המשפטית תוכל לעמוד בפרץ. גם היום קיים מספר מצומצם של עבירות שהעונש בצידן הוא מיתה, בהן החוק לעשיית דין בנאצים ובעוזריהם; עבירות הבגידה בחוק העונשין; ועבירות בגידת חיילים מסוימות בחוק השיפוט הצבאי. כל אלה נחקקו לפני חקיקת חוק־יסוד: כבוד האדם וחירותו ורובן מקורן בחקיקה מנדטורית. בהיסטוריה של מדינת ישראל הופעל עונש המוות פעמיים - בבית דין שדה בשנת 1948 בעניינו של מאיר טוביאנסקי (שנמצא חף מפשע לאחר הוצאתו להורג), ובעניינו של הפושע הנאצי אדולף אייכמן.
גם ג'ון דמיאניוק - שזוהה כ"איוון האיום" ממחנה ההשמדה טרבלינקה - הורשע ונידון לעונש מוות בבית המשפט המחוזי, אך זוכה בערעור בבית המשפט העליון.
המקרה של אייכמן מעיד על כך שמאז היווסדה בחרה מדינת ישראל להשתמש בעונש המוות רק בחמור שבפשעים שיכול אדם לבצע - רצח עם. המקרה של טוביאנסקי, ובמידה מסוימת אף זה של דמיאניוק, מעידים על הבעיה שבעונש זה - האפשרות של טעות בהכרעת הדין כאשר העונש בלתי הפיך.
כל היועצים המשפטיים לממשלה התנגדו ליוזמות החקיקה שהציעו להטיל עונש מוות על מחבלים. חוות הדעת העדכנית של הייעוץ המשפטי לממשלה, שהועברה לראש הממשלה נתניהו על ידי היועץ המשפטי לממשלה לשעבר ד"ר אביחי מנדלבליט, קבעה שעונש מוות אינו מרתיע כשמדובר במחבלים ושהוא עלול לגרום להרג סיטוני של שבויים ישראלים. "לטענת המציעים, עונש מוות הוא 'הכרח הרתעתי', וככלל תכלית של הרתעת מחבלים היא ראויה", נכתב בחוות הדעת. "החמרה בענישה ככלל ועונש מוות בפרט, אינם מביאים ליתר הרתעה. הדברים נכונים ביתר שאת מקום שמדובר בעבריינים אידיאולוגים ובמחבלים, הנכונים ממילא למות במהלך ביצוע העבירה".
המערכת המשפטית טוענת שהמגמה הברורה במדינות מתקדמות בעולם היא ביטולו של עונש המוות. "מעל לשני־שלישים ממדינות העולם ביטלו את עונש המוות. באיחוד האירופי, למשל, חל איסור על עונש מוות". עם זאת, המדינה המערבית היחידה שבה מבוצע עונש המוות היא ארה"ב. "גם שם החלו מדינות לבטל את עונש המוות, וכיום רק 31 מהמדינות כוללות בחוקיהן עונש מוות - שבע מהמדינות ביטלו את עונש המוות בעשור האחרון".
לדברי היועץ, הצעת החוק אינה עולה בקנה אחד עם הצהרותיה של המדינה לעניין עונש המוות בפני פורומים בין־לאומיים; עם עמדת ועדת זכויות האדם של האו''ם בעניינה של ישראל; ועם המגמה הנוהגת כיום בזירה הבין־לאומית, וצפויה לעורר ביקורת בזירה הבין־לאומית.
עוד הוטעם שקיים תמיד חשש מפני עונש שמשמעותו היא בלתי הפיכה. הוא גם הדגיש שעבירות שהעונש עליהן מוות בספר החוקים הישראלי נחקקו בטרם נחקק חוק יסוד: כבוד האדם, שפרשנותו שוללת עונש מוות. על פי הגדרות חוק היסוד מדובר בענישה שאינה מידתית.
ביוזמת שר המשפטים יריב לוין ובשיתוף היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב־מיארה, הוחל באיסוף ראיות נגד מבצעי טבח 7 באוקטובר, מתוך מטרה לערוך משפט ציבורי גדול עם שוך הקרבות. זאת אגב איסוף המודיעין, החל מהרגע הראשון. אלא שהראיות שנאספו בתחילה שימשו בעיקר לצורכי מודיעין ופחות לצרכים משפטיים. כעבור שבועיים הוקם צוות חוקרים, שכולל גם חוקרי משטרה, במטרה לאסוף גם ראיות שתוכלנה לשמש במשפט פלילי־ציבורי אם יתקיים לאחר מכן, או לפחות למשפטים שצפויים למחבלים שנעצרו.
