בג"ץ דחה אמש על הסף עתירה שהגיש ארגון אלמגור נגד עסקת החטופים. "מדובר בסוגיה מדינית מובהקת שבית המשפט אינו רואה להידרש לה", קבע שופט העליון אלכס שטיין, מבלי שנערך דיון בעניין.
שטיין ציין כי "העתירה נעדרת תשתית עובדתית ומשפטית נחוצה". לדבריו, "חוק יסוד הממשלה קובע כי 'הממשלה רשאית להחליט לשחרר אסיר ממאסר אם סברה כי שחרורו מתחייב מטעמים של ניהול יחסי החוץ של המדינה וביטחונה, ובלבד שהשחרור נעשה במסגרת שחרור שבויים או חטופים'".
השופט שטיין הוסיף כי "באשר לענייני כבוד האדם וחירותו, הבה נזכור את הכלל המוסרי הבסיסי 'אין לך מצווה גדולה כפדיון שבויים'. הסוגיה נטועה בשיקולי מלחמה ושלום ומדיניות חוץ, שמסורים להחלטת הממשלה".
שטיין סיכם כי "כאבי המשפחות שהעותרת מדברת בשמן הוא כאב עמוק, כן ואמיתי. כאבן של משפחות אלו הוא כאבנו. ברם, סבלם היומיומי של החטופים והכאב שחשים בני משפחותיהם, חבריהם ועימם רבבות אזרחי המדינה שחרדים לגורל החטופים – גם הם עמוקים, כנים ואמתיים. הסמכות הקשה מנשוא להעמיד כאב מול כאב וסבל מול סבל במקרים כגון זה מסורה לממשלת ישראל".
עו"ד מאיר סחיווסחורדר, שאיבד חמישה מבני משפחתו בפיגוע במסעדת סבארו בירושלים ב־2001 והגיש את העתירה נגד העסקה, מסר בתגובה: "הזוי שבעתירה שהוגשה תוך כדי לחימה בדבר כניסה של חיילי צה"ל לבית החולים שיפא הם כן דנו, ולא דחו על הסף".
עו"ד סחיווסחורדר הסביר כי העתירה הוגשה במטרה שבית המשפט "יבדוק איך התקבלה העסקה הזאת, איך היא התבשלה, או שיש פה איזו עסקת כניעה לא ברורה שיכולה לגרור את ישראל לעשר שנים של עסקה אחרי עסקה". הוא ציין כי "בהנחה שבית המשפט מחליט שהוא לא מתערב ולא בודק, אז לפחות שייתן צו שאי־אפשר לשחרר אסירים לתוך ירושלים. במסגרת העסקה הזאת המחבלים משוחררים לתוך ירושלים".
