ועדת החקירה ייחסה למפכ"ל, רב־ניצב יעקב שבתאי, שורת כשלים וציינה כי הוא "ידע שהאירוע כרוך בסכנת חיים ממשית" - אך בשל המלחמה לא המליצה להדיחו. הוועדה רמזה לשבתאי כיצד עליו לנהוג, כששיבחה את מפקד המחוז הצפוני לשעבר, ניצב בדימוס שמעון לביא, שהתפטר מיד אחרי האסון. בשל המלחמה, הוועדה מאפשרת לממשלה להחליט על מועד סיום תפקידו של שבתאי.
"שבתאי אישר את תוכנית המבצע שגובשה במחוז הצפון של המשטרה, וזאת על אף שידע שמתחם ההר, והמתחמים המשמשים בו להדלקות, אינם יכולים להכיל בבטחה את כמות המבקרים הצפויה במקום במהלך ההילולה, ותוך התעלמות מהסכנות הנלוות לכך", ציינו חברי הוועדה. "אף כשעלתה האפשרות להגביל את כמות הקהל באתר עקב מגפת הקורונה, דחה אותה שבתאי וקבע עמדה נחרצת, לפיה מתווה הכולל הגבלה של כמות המבקרים בזמן נתון הוא מסוכן יותר מאשר קיום ההילולה ללא הגבלה. עמדה זו נקבעה מבלי שנעשתה עבודת מטה מסודרת לבססה, ומבלי שנבחנו חלופות ודרכים פרטניות ליצירת הגבלה של כמות המשתתפים באירוע".
חברי הוועדה הוסיפו בנוגע למפכ"ל כי "הכשלים המנויים לעיל היו מבין הגורמים שהובילו להצטברות קהל ברמת צפיפות קיצונית ומסוכנת במוקדים שונים בהילולה, ובכלל זה במהלך אירוע ההדלקה של חסידות תולדות אהרן, ולכך שהסכנה לא זוהתה מבעוד מועד ולא ניתן לה מענה. העובדה שההילולה הסתיימה בעבר ללא אבדות בנפש, אינה הופכת אותה לאירוע מוצלח. מעבר לכך, כפי שפירטנו, שבתאי ידע שהאירוע כרוך בסכנת חיים ממשית מדי שנה, ומידע זה כשלעצמו חייב אותו לבחון מחדש את ההנחות שביסוד תוכנית המבצע".
לאחר פרסום הדוח, המפכ"ל שבתאי מסר כי הוא "נוטל אחריות מלאה", אך בוחר לא להתפטר בשלב זה.
מקורביו של שבתאי אמרו כי הוא לא יכול לקום וללכת רגע לפני תחילת הרמדאן, אחרי שהתקבלה החלטה לפתוח את הר הבית לערביי ישראל ללא מגבלות. בשיחות עם מקורביו, הוא אמר: “אני יכול לסיים את כהונתי בכל רגע. אני מכבד ומקבל את המסקנות, אבל יש לי אחריות לאומית”. הוא המשיך: “אם לא היה ה־7 באוקטובר, הייתי היום בבית, אחרי סיום הכהונה”.
יש לי אחריות לאומית". שבתאי | צילום: אביגיל עוזי"
