זה החל באיסוף מודיעין ממושך, לפיו מפקדים בכירים וגורמים שונים בחמאס שבו לפעול בשבועות האחרונים בבית החולים שיפא, אליו כבר נכנס צה"ל במהלך התימרון בעזה. ואז, באמצע הלילה, בהפתעה, כיתרו הכוחות את בית החולים הגדול ביותר ברצועה.
את הכוחות הובילו אוגדה 162 וצוות הקרב של חטיבה 401, בשיתוף שייטת 13 והשב"כ. שעות אחרי תחילת המבצע עוד התנהלה הלחימה, כאשר ההיתקלויות החלו כבר ברגעים הראשונים להגעת הלוחמים. בבוקר צה"ל כרז למחבלים לצאת מבית החולים ולהסגיר עצמם, ולאורך כל שעות היום אתמול המשיך צה"ל לפעול במרחב בית החולים תוך חיסול מחבלים, איתור אמל"ח ופגיעה בתשתיות טרור.
בצבא השתמשו בין היתר ברחפנים ובטכנולוגיות מיוחדות כדי להביא ליחידות יתרונות טקטיים, מודיעיניים ומבצעיים. ללוחמים היו צמודים חוקרי שב"כ ויחידת 504 לניהולי חקירות בשטח, שסייעו בניקוז כל היוצאים מבית החולים ובדיקתם. בנוסף, הכוחות הגיעו עם ציוד רפואי רב ומזון כדי לספקו לשיפא בהמשך, תוך הפרדה בין המחבלים לצוותים הרפואיים.
במהלך הפעולה נהרג ליד בית החולים סמ"ר מתן וינוגרדוב ז"ל, בן 20 מירושלים, ולוחם אחר נפצע באורח קל בחילופי האש. יותר מ־200 מחבלים נעצרו במרחב בית החולים כחלק מהפעולה ו־20 מחבלים נהרגו, ביניהם בכיר חמאס פאיק אל־מבחוח.
במהלך הפשיטה דובר צה"ל בערבית קרא לתושבי שכונת רימאל להתפנות מערבה, ובכרוזים שפוזרו בשכונה וסמוך לשיפא נכתב: "אתם נמצאים באזור לחימה מסוכן. על מנת לשמור על ביטחונכם, עליכם לפנות מיד את האזור ולפנות מערבה ולאחר מכן דרומה, לאזור ההומניטרי באל־מוואסי".
רופא בבית החולים שיפא אמר לרשת הסעודית "אל ערביה" כי צה"ל "מכתר את בית החולים והשוהים בו לכודים מכל עבר. אנחנו עדיין בתוך המחלקות, בחצר בית החולים יש פעולות חישוף וירי כבד נשמע בחוץ. יש פחד בקרב הילדים והנשים בבית החולים".
מתוך בית החולים, פרסם עיתונאי עזתי סרטון שאותו העלה לאינסטגרם. "ייתכן שזה הווידאו האחרון שלי. אנחנו לכודים בבית חולים שיפא ויורים עלינו באינטנסיביות", אמר כשברקע נשמעים פיצוצים, "כוחות צה"ל נכנסו לתוך המתחם הרפואי והפתיעו אותנו בתוך בית החולים. מה שאתם שומעים עכשיו אלו עימותים וחילופי אש בסביבת בית החולים. בכניסה לשיפא שומעים קולות ורסיסים מתעופפים. העולם כולו הפנו לנו עורף אבל אללה איתנו, אללה יעזור לנו וננצח אינשאללה".
גם במשרד הבריאות בעזה שבשליטת חמאס אמרו כי יש הרוגים ופצועים בבית החולים. לדבריהם, פרצה שריפה בכניסה למקום והתקשורת נותקה. הם טענו למקרי חנק של עקורים ובהם ילדים בבניין 8 של בית החולים. "אנחנו קוראים לכל המוסדות הבינלאומיים להפסיק לאלתר את הטבח", אמרו. גם בהודעה שפרסם חמאס הופנתה האשמה דומה: "כישלון הקהילה הבינלאומית והאו"ם לפעול נגד צבא הכיבוש היווה אור ירוק להמשך מלחמת הג'נוסייד והטיהור האתני נגד עמנו".
לפי צה"ל, חמאס מנסה שוב להפוך את שיפא למפקדת טרור ראשית בצפון הרצועה. עוד ציינו בצה"ל כי כוחות הביטחון התריעו מראש בפני גורמי רפואה רשמיים ברצועה ובהם בשיפא כי חמאס חוזר להשתמש בבתי חולים ברצועה למטרות טרור. בצבא מעריכים כי המחבלים השתמשו בתקופה האחרונה בחדרים של בית החולים אבל לא במנהרות - כי צה"ל השמיד אותן במהלך התמרון.
כבר במהלך הלילה פרסם דובר צה"ל תא"ל דניאל הגרי הצהרה באנגלית, ואמר כי "צה"ל החל במבצע בעקבות מידע מודיעיני מבוסס שחייב פעולה מיידית. אנחנו יודעים שבכירים בחמאס התאגדו מחדש בתוך שיפא ומפקדים משם על פעולות נגד ישראל. הפעילות הממוקדת שלנו היא לא רק הכרח מבצעי, היא חובה גלובלית. אנחנו קוראים לכל מחבלי חמאס המסתתרים בבתי חולים להיכנע באופן מיידי. אסור לנצל מתקנים רפואיים לצרכי טרור, חמאס חייב לתת דין וחשבון".
בלילה צה"ל גם חשף הקלטה שלפיה ראש מנהלת תיאום והקישור לעזה שוחח בימים האחרונים עם מנכ"ל משרד הבריאות ברצועה על פעילות ארגוני הטרור בבתי החולים ועל הצורך בסיכולה, תוך תיאום מלא עם הנהלת בתי החולים. "אנחנו רואים שארגון הטרור חמאס ממשיך את הפעילות הצבאית שלו בתוך בתי החולים. אנחנו מוכנים לספק כל סיוע המוניטרי שיידרש. הבקשה שלנו היא פשוטה, הפסקה מיידית של כל פעילות הטרור בבתי החולים", נאמר בשיחה.
