5:30 לפנות בוקר 7 באוקטובר, גדוד 51 של חטיבת גולני, שהיה בתעסוקה מבצעית תחת אוגדת עזה, מבצע "כוננות עם שחר" כחלק מההיערכות השגרתית. אבל מכת האש של חמאס ב-6:29 מרתקת את הכוחות למרחבים המוגנים ומקשה על הגנת היישוב. המחבלים, חלקם לבושים מדי צה"ל, פרצו את הגדר בכמה נקודות והגיעו בכלי רכב ובאופנועים. הכוחות ניהלו מולם קרבות עזים, אך לאחר כשעה נסוגו רובם להגנה על הקיבוץ.
מי שנשארו בחזית היו חברי כוח כוננות "כרמל א'" בפיקוד סרן אורי שני ז"ל, שפגעו במחבלים שהיו בדרכם לקיבוץ רעים ולכביש 232. יהושוע, אביו של סרן שני ז"ל, שיתף בתחושות הקשות בעקבות התחקיר: "התחקיר מבליט את תושיית וגבורת הלוחמים בשטח, לעומת החידלון שאחז בצמרת שירות הביטחון הכללי וצבא ההגנה לישראל".
שי, אבא של סמל עילאי-נועם בן מוחה ז"ל, נזכר באותו בוקר נורא: "בשעה 6:47 בדיוק הוא הרים לי טלפון ואמר לי ׳אבא, אתה לא מבין מה קורה פה. מלא טילים ופצמ״רים. בדיוק סיימתי סיור לילה, אני עייף׳. אמרתי לו שייכנס לישון. הוא אמר שזה לא המצב ומאז לא שמעתי ממנו יותר. גם סמל דוד מיטלמן ז"ל ועילאי-נועם נלחמו בשער המחנה, כ-20 דקות לפני שנהרגו מטיל נ"ט ששוגר לעברם".
עיקר הלחימה במחנה התמקדה במיגונית פלוגת המפקדה שאליה התקרבו המחבלים. גיל רוזיאביץ', אביו המאמץ של סמ"ר ברנדו דוד פלורס גרסייה ז"ל, אחד מהנופלים מהקרב במיגונית, שיתף בתחושותיו בעקבות התחקיר: "לנו באופן אישי חשוב שיידעו שהוא נלחם, נשאר בעמדה ועשה את כל מה שהוא יכול היה לעשות כדי למנוע את החדירה עד הכדור האחרון".
הקרבות נמשכו גם ב-9 באוקטובר, כשמחבלים שהתבצרו ברפת רצחו את המנהל שלה, ראובן הייניק ז"ל. הם חוסלו על ידי כוחות צה"ל בסיוע טנק ומסוק. ב-10 באוקטובר השתלט על הקיבוץ גדוד מילואים מחטיבה 5, וב-12 באוקטובר חוסל המחבל האחרון בהיתקלות.
עורכי התחקיר מדגישים שצה"ל לא עמד במשימתו להגן על תושבי קיבוץ כיסופים, וזאת בשל תרחיש ייחוס שגוי וחוסר היערכות למתקפה רב-זירתית. יחס הכוחות בין מחבלים לבין תושבים חמושים היה פי 30, וכוחות צה"ל לא תורגלו או הוכשרו ללחימה ביישוב ישראלי רווי מחבלים ולא פעלו על פי טכניקה סדורה ואחידה, מה שהוביל לטעויות טקטיות, ירי דו-צדדי וטיהור ממושך.
מקיבוץ כיסופים נמסר בתגובה לתחקיר: "הקיבוץ כואב את הכאב הבלתי נתפס של משפחות האזרחים והחיילים כאחד - ומחבק את המשפחות באבלן הקשה. מתוך התחקיר אנו למדים כי ממשלת ישראל וצה"ל לא נערכו לאיום האמיתי, תוך התעלמות מהסימנים המעידים ובמהלכו, לצד גבורת הלוחמים נעשו טעויות מבצעיות חריפות שהובילו להרג ופגיעה של אזרחים וחיילים. אזרחים ישראלים וחיילי צה"ל נותרו חשופים מול מתקפה חסרת תקדים. אנו מצפים כי עוד לפני שובנו לקיבוץ, כל מרכיבי הביטחון שהובטחו על ידי המדינה ייושמו באופן מלא".
אחד מהלוחמים ששירתו במוצב כיסופים ב-7 באוקטובר לצד לוחמי גולני, יעקב ועקנין, הביע את תסכולו מאופן ביצוע התחקיר ומסקנותיו: "פתחו את הדלת גם ללוחמים עצמם. לנו יש מה לספר, ויש לנו גם איך להוכיח. כל עוד זה לא קורה – כל "תחקיר" שכזה אינו אלא מסמך ריק, שמסכן את עתידנו לא פחות משהוא מחלל את זכר הנופלים".
