צה"ל פירסם אמש את התחקיר הראשוני על הירי לעבר בית החולים נאצר בחאן-יונס, שממנו עולה כי הכוח לא קיבל את האישור הנדרש לכך, והשתמש בפגזים במקום בחימוש מדויק.
לפי הודעת דובר צה"ל, הרמטכ"ל אייל זמיר הנחה את הצבא להעמיק את התחקיר בשני פערים - ביחס להליך האישורים בין המפקדות טרם התקיפה, הן בנוגע לחימוש שאושר לביצוע התקיפה והן בנוגע למועד אישור התקיפה, וכן בנוגע לפערים בקבלת ההחלטות בשטח.
כמו כן, הדגיש זמיר כי צה"ל מכוון את פעולותיו אל עבר מטרות צבאיות בלבד, ובכל מקרה בית חולים מוגדר תמיד לכוחות כ"איתור רגיש" שאסור לתקוף אלא באישור חריג של קצין בכיר מאוד או לאחר סט של פעולות מקדימות, ובטח לא באש סטטיסטית או בכינון ישיר.
במסגרת הודעת צה"ל נכתב כי מהתחקיר, שהוצג לרמטכ"ל על ידי מפקד פיקוד הדרום יניב עשור, עולה כי כוחות חטיבת גולני, הפועלים באזור חאן-יונס לסיכול והשמדת תשתיות טרור, איתרו מצלמה שהוצבה על ידי חמאס בשטח בית החולים. המצלמה נחשדה כצופה על פעילות הלוחמים ובכך מכווינה פעילות טרור נגד הכוחות. במקביל, ל-ynet נודע כי הצבא ניסה כבר ביום חמישי לפגוע במצלמה שאותרה, ושעל פי החשד שימשה למעקב אחר לוחמים.
כוח צה"ל שזיהה את המצלמה בחמישי ביקש וקיבל אישור מגורם בכיר בפיקוד לפגוע בה. ואכן, נעשו ניסיונות להשמיד את המצלמה באמצעות רחפן - אך ללא הצלחה. בשל כך, שלשום הגיע כוח של טנקים - שלא ביקש אישור מחודש, שכבר היה קיים מבחינתו - ושיגר ארבעה פגזים בשני מטחים לעבר המצלמה.
הרמטכ"ל זמיר ציין כי חמאס עושה שימוש ציני באופן שיטתי באתרים רגישים ותשתיות אזרחיות כמו בתי החולים. הוא הוסיף כי שישה מההרוגים באירוע היו מחבלים, כשאחד מהם אף לקח חלק בפשיטה ב-7 באוקטובר. לצד זאת, הרמטכ"ל גם הבהיר שהוא מצר על הפגיעה בבלתי מעורבים.
