כדי להבין את "המוסדות הלאומיים" צריך לחזור לשנת 1897, לעיר באזל בשווייץ. בנימין זאב הרצל כינס את הקונגרס הציוני הראשון, שהתפתח לעבר הקמתה של ההסתדרות הציונית העולמית – ארגון הגג לתיאום המפעל הציוני.
בעקבותיה, ובמקביל להתפתחות היישוב היהודי בארץ ישראל, צמחו שלושה גופים נוספים שהפכו לעמודי התווך של המפעל הציוני: קרן קיימת לישראל (קק"ל), אשר נוסדה ב-1901 ותפקידה היה לרכוש קרקעות בארץ ישראל ולפתחן, קרן היסוד, שנוסדה ב-1920 ושימשה כזרוע הגיוס הכספי של התנועה הציונית, והסוכנות היהודית לארץ ישראל, שהוקמה ב-1929 כזרוע המבצעת של ההסתדרות הציונית, והייתה אחראית בעיקר על ארגון העלייה והקליטה.
ארבעת הגופים הללו, אשר נוסדו טרם קום המדינה, מכונים כיום "המוסדות הלאומיים". בדרך כלל, בהקמת מדינה הגופים שפעלו לפניה מתפרקים או מתמזגים לתוך מוסדות הממשלה החדשים. אולם במקרה הישראלי המשיכו "המוסדות הלאומיים" לפעול.
הארגונים אינם חפים מביקורת. לאורך השנים נשמעו טענות על בזבוז תקציבים, ניפוח מנגנונים ומינויים פוליטיים שאינם מבוססים על כישורים אלא על נאמנות מפלגתית. המונח "מפעל ג'ובים" מופיע לא פעם בשיח הציבורי כשמדברים על המוסדות. חלק מהביקורת הזו מוצדקת. יש משרות שנוצרו כדי לספק תפקידים לפעילים פוליטיים נאמנים.
יאיר נתניהו הוא לא המינוי היחיד בעל זיקה פוליטית. במסגרת חלוקת התפקידים נרשם עוד מועמד שנוי במחלוקת – מומו דרעי, אחיו של יו"ר ש"ס אריה דרעי, יועד להתמנות ליושב ראש עמית של קק"ל למשך חמש שנים. גם בנו של דרעי, ינקי, מונה עוד בהסכם הקודם בשנת 2020 לראש מחלקת גיוס כספים בהסתדרות הציונית, עם משכורת בגובה שכרו של שר.
לאורך השנים פוליטיקאים מכל קצוות הקשת הפוליטית השתמשו ב"מוסדות הלאומיים" לחלוקת ג'ובים למקורבים ובני משפחה. בנו של יו"ר דגל התורה משה גפני, אליהו, שימש יועץ לאחד מבעלי התפקידים בקק"ל. גם ראש האופוזיציה יאיר לפיד, שכעת מבקר את הכוונה למנות את יאיר נתניהו, מינה את גיסתו לדירקטוריון קק"ל (בתפקיד ללא שכר) בזמן "ממשלת השינוי", אך היא התפטרה בשל הביקורת הציבורית. בן זוגה של השרה לשעבר תמר זנדברג ממרצ מונה באותה ממשלה ליו"ר מרכז הרצל – תפקיד נוסף בשכר גבוה ששייך למוסדות הלאומיים, ומקביל בדרגתו לראש מחלקה בהסתדרות הציונית.
חשוב לזכור שבמוסדות עובדים תחת אותם גורמים פוליטיים אנשי מקצוע מסורים, שעושים עבודה חשובה. הבעיה אינה בעצם קיומם של המוסדות, אלא בשאלה איך הם מנוהלים, איך הם מפוקחים ואיך מבטיחים שהם אכן מקדמים את המטרות שלשמן הם נוסדו.
