כבר עתה ברור שחנינה, אם אכן תוענק לראש הממשלה בנימין נתניהו על פי בקשתו, תינתן רק לאחר מעין מו"מ שינהל מול נשיא המדינה יצחק הרצוג. מעבר לשניהם, יהיו מעורבים בהליך שלושה גורמים רלוונטיים: הראשון הוא שר המשפטים יריב לוין, התומך מטבע הדברים בחנינה. השנייה היא היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב–מיארה, שעומדת בראש צוות התביעה במשפט האלפים. הגורם השלישי יהיה בג"ץ, שאליו יעתרו, אם וכאשר, מתנגדי החנינה.
שני משתנים חשובים אמורים להשפיע על ההליך. האחד קשור בהודאה של נתניהו לפחות בחלק מהעבירות המיוחסות לו במשפט, כפי שנדרש ממי שמבקש חנינה במדינת ישראל. אלא שתקדים פרשת קו 300 משאיר פתח לפתרון יצירתי: באמצע שנות ה–80 העניק הנשיא חיים הרצוג, אביו של הנשיא הנוכחי, חנינה לבכירי שב"כ שהרגו מחבלים עזתים שנתפסו חיים. החנינה ניתנה לפני שהמשפט החל, ומבלי שהודו רשמית באשמתם.
המשתנה האחר, והלא-פחות חשוב מבחינת המערכת המשפטית, הוא שההודאה של נתניהו תהיה בעבירות שיש עימן קלון. אלא שהודאה כזו תגרור באופן אוטומטי פרישה שלו מראשות הממשלה, ולכך הוא מתנגד בתוקף.
גורם ששוחח בתקופה אחרונה עם מקורבי הנשיא התרשם שהרצוג מעוניין במתן חנינה על מנת להרגיע את הסערה החברתית בישראל, אלא שהוא עשוי לדרוש "עסקת חבילה": פנייה של נתניהו אליו (כפי שאכן עשה), ואז הודאה בחלק מההאשמות הפליליות נגדו. בנוסף הוא עשוי לבקש מראש הממשלה להודיע על עצירת המשך החקיקה של המהפכה המשפטית (לכך רמז נתניהו בבקשת החנינה), עצירת ניסיון ההדחה של היועמ"שית, והצהרה על צעדים לאיחוי הקרע החברתי. אותו גורם הזכיר שכמו שבג"ץ אישר את החנינה בפרשת קו 300, סביר שלא יפסול החלטה דומה כעת.
הרצוג, כמו נשיא העליון לשעבר אהרן ברק, רואים במשפט נתניהו את המחולל הגדול של המהפכה המשפטית והכאוס הפוליטי של השנים האחרונות. גם גורמים במערכת המשפט מבהירים שקיימות שתי אופציות ריאליות לסיום משפט תיקי האלפים: חנינה, או המשכו עד פסק דין סופי בעוד כמה שנים.
אפשרות שלישית הייתה פסק דין סופי במסגרת גישור פלילי, כפי שהציעו השופטים בתיק, אך היא נדחתה על ידי היועמ"שית בהרב–מיארה. היא עמדה על כך שאם נתניהו אכן מעוניין בסיום המשפט, עליו לנהל מו"מ על עסקת טיעון שתכלול הודאה בעבירות או בחלקן, והסכמה שבית המשפט יטיל עליו קלון שיחייב אותו לפרוש מהחיים הפוליטיים.
על פי החוק והנוהל, מעתה תעבור בקשת נתניהו למישור המשפטי. השר לוין, שצריך להעניק את "חתימת הקיום", יעביר אותה לבחינה מקצועית של מחלקת החנינות. זו תחבר חוות דעת אישית על נתניהו ועל מצבו המשפטי, ותתייחס לסוגיות כגון אם הבקשה עומדת באמות הדעת כמו הודאה באשמה, הבעת חרטה, קבלת אחריות וכו'. לאחר מכן תחובר חוות דעתו של שר המשפטים.
גם היועמ"שית, לאחר התייעצות עם צוות התביעה במשפט נתניהו תגיש את עמדתה לנשיא, ללשכה המשפטית שלו, ובמידת הצורך גם לבג”ץ.
