עם בקשת החנינה שהגיש ראש הממשלה בנימין נתניהו, המחלקה היחידה שאמורה להתחיל בטיפול בה, לפחות בינתיים, היא מחלקת החנינות של משרד המשפטים. לכל אזרח המבקש חנינה יש "פרוטוקול" כללי לשם טיפול בחנינה לפני שהיא מועברת להכרעת שר המשפטים המעניק "חתימת קיום" – מעין תוקף משפטי לקבלת או דחיית החנינה, שאותו הוא מעביר לנשיא המדינה כ"המלצה".
מקור משפטי בכיר אומר כי "נראה שנתניהו אינו עומד ברובן המכריע של אמות המידה הרגילות של מורשע בישראל, ואם תוענק לו חנינה – היא תהיה למעשה חנינה פוליטית". לדבריו, "אם היא תוענק לו היא תהיה מחוץ למסגרת הרגילה, בדומה לתקדים של חנינת קו 300 – אז דובר על נסיבות יוצאות דופן מבחינות לאומיות וביטחוניות – והעובדה היא שמ-1986, וגם לאחר שבג"ץ אישר את תוקפה החוקי של החנינה, מעולם לא חזרו מערכת המשפט או הפוליטיקה על מקרה דומה".
אם אזרח מסוים מבקש חנינה, נפתח לו תיק שבו נאספות עובדות המקרה מהתקופה שלפני הגשת בקשת החנינה ועד לימי הגשת הבקשה.
כחלק מההליך, מחלקת החנינות מבקשת מהמשטרה לבדוק אם יש למגיש הבקשה רישום פלילי. אם מדובר בזוטי עבירות, אין לכך השפעה לרעה. אך אם מדובר למשל בעבריין מין, במתעלל בחסרי ישע, בעבריין אלימות או במישהו שהעבירות שביצע משמעותיות – יש לעיתים החלטת "מדיניות" שלא להעניק חנינות למבצעי עבירות כאלה. במקרה של אסיר שכבר מרצה את עונשו, מתבקשת חוות דעת של שירות בתי הסוהר על אודות התנהגותו של האסיר.
מחלקת החנינות מבקשת גם תסקיר בריאותי על מבקש החנינה, הן לגבי מצבו הבריאותי והן לגבי הנפשי, כשגם לגיל הפונים יש משמעות. אם מדובר באדם שתרם רבות למדינה, כמו למשל חייל משוחרר שתרם רבות במבצע צבאי או במלחמה – יש בכך התחשבות.
גורמי רווחה מתבקשים לתת תסקיר מבחן שימפה את מצבו הסוציאלי של המורשע או של בני ביתו – הדבר נלקח בחשבון. כמו כן, באמצעות רשות האכיפה נבדק אם יש למבקש החנינה חובות כספיים למדינה, קנסות או עיצומים אחרים.
בנוסף, מחלקת החנינות אוספת מידע משפטי על הנוהג במקרים דומים: איך נהגה המדינה בעבירות מסוג זה? מה מדיניותה לגבי חנינות בעבירות הספציפיות? ומה היו התקדימים המשפטיים?
רוב הרכיבים שצוינו אינם מתכתבים עם תיק החנינה של נתניהו: הוא לא הורשע בפסק דין סופי, משפטו עדיין מתנהל וייתכן שהוא ייצא זכאי, הוא לא הודה בינתיים בדבר, גם לא במסגרת תיק הבקשה שלו לחנינה, אין לו רישום פלילי, יש לו בעיות בריאות סבירות לאדם בגילו, משפחתו אינה נזקקת, אין לו רישום פלילי והוא לא זקוק לשיקום.
ייתכן שחוות הדעת של התביעה תהיה שנתניהו אינו זכאי לחנינה מכיוון שהוא מבקש בקשה שחותרת תחת השוויון בפני החוק – הן בשל נימוקיה והן משום שהיא תקדימית – והשאלה היא אם מדובר במקרה שבו סוטים מתקדימי העבר שנוגעים לכל אזרח אחר.
