נציב שב"ס קובי יעקבי פנה ליועמ"שית גלי-בהרב מיארה בטענה שבידיו ראיות לקיום קשר אסור בין העד המרכזי בפרשת מקורבי בן גביר, לבין חוקרת מרכזית במח"ש, שחקרה את יעקבי בתיק - וחקרה גם עדים נוספים. הוא ציין כי הטענות הללו הופיעו גם בשימוע שנערך לו לפני ההחלטה להגיש כתב אישום, וגם נשלחו במכתב נוסף - אך דבר לא נעשה בנושא.
יעקבי דרש מהיועמ"שית לפתוח בחקירה נגד השניים. העד המרכזי הכחיש את הטענות של יעקבי, ואמר: "לא היה ולא נברא. מתעקש שהיועמ"שית תפתח בחקירה. אני מוכן לכל בדיקה של מחקרי תקשורת ופוליגרף כדי להוכיח שמדובר בעלילת שווא". עורך דינו של יעקבי אמר כי בקשתו לערוך עימות עם העד המרכזי נדחתה על ידי מח"ש, והוסיף כי הקשר לכאורה צריך להיבדק על ידי גורם חיצוני.
בהרב-מיארה החליטה כי יעקבי יואשם בפרשה. לפי החשד, הוא העביר למפקד היחידה המרכזית (ימ"ר) של מחוז ש"י לשעבר, ניצב-משנה אבישי מועלם, מידע הנוגע לחקירה סמויה בעניינו, שעסקה בכך שפעל לכאורה למנוע מעצר של חשודים בטרור יהודי ביהודה ושומרון בתמורה לקידומו במשטרה. עוד בטרם הדיווח על הכוונה להגיש כתב אישום שיגר סנגורו של יעקבי, עו"ד אורי קורב, מכתב בהול לפרקליטות שבו ביקש לעכב את ההחלטה ולבדוק טענות חדשות שהתגלו. "הבאנו מידע אשר אינו מאפשר קבלת החלטה בטרם בדיקתו", כתב.
בחומרים שהופיעו בפנייה של קורב צוין כי במהלך החקירה לא זומנו במח"ש עדים שאליהם הפנה יעקבי, ולדבריו תומכים בגרסתו - שלפיה לא ידע על קיומה של חקירה נגד מועלם, אלא היה מודע רק ל"עניינים של בינו לבינה" שעשויים היו למנוע את קידומו, במסגרת בדיקת יחב"מ (יחידה לביטחון מידע).
