ועדת גרוניס כונסה שוב, היועמ"שית מתנגדת למסקנות – והסוגייה הנפיצה שוב מתגלגלת לשופטים: היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה טענה כי רוב חברי הוועדה התעלמו מנתונים וממידע שאינם תומכים בתזה שלהם לאישור מינוי רומן גופמן לראש המוסד - על אף שלטענתה שינה גרסאות והיה מודע "ברמת הסתברות גבוהה מאוד" להפעלת הנער אלמקייס.
עוד לדבריה, עדותו של תא"ל ג' חיזקה את העמדה שיש לפסול אותו. בנוגע להפעלת הנער אורי אלמקייס כתבה בין היתר במכתב לבג"ץ: "מקריאת הפרוטוקולים קשה להשתחרר מהרושם שחלק מחברי הרוב גמרו בדעתם להכשיר את המינוי ויהי מה, וכתוצאה מכך התעלמו מנתונים וממידע שאינם תומכים בתזה שלהם. חלק מחברי הוועדה שאלו שאלות מדריכות ואף כיוונו את העדים שהופיעו בפני הוועדה לומר דברים שיש בהם כדי לחזק אותה עד כדי הכנסת מילים לפיו של העד".
גופמן הגיב לחוות הדעת של היועמ"שית, וכתב לבג"ץ: "סימן השאלה הבודד שעמד בפני בית המשפט ביחס להתנהלות האלוף גופמן - בנקודת הזמן הקונקרטית כאמור לעיל - קיבל מענה הולם על ידי תא"ל ג' והפך לסימן קריאה מובהק... הכרעת הוועדה ביחס להתנהלות המשיב בשאלה יחידה זו, שעמדה בפני בית המשפט הנכבד, הוכרעה על ידי הוועדה פה אחד". לטענתו, "ממילא - אין מקום להתערבות חריגה וכה קיצונית על ידי בית המשפט הנכבד, ויש להורות על דחיית העתירות במלואן".
