במסגרת החזרת התחבורה הציבורית לפעילות לאחר שרובה הושבתה בימי הסגר, מבצעת המדינה שלושה מהלכים לייעול הנסיעה. המהלך הראשון הוא ביטול גורף של האפשרות לשלם במזומן באוטובוס, שהוצג כמהלך שנועד להרחיק נוסעים מהנהג ולהקטין את סכנת ההידבקות בנגיף, אבל היה על הכוונת של משרדי התחבורה והאוצר כבר זמן רב, ויישאר בתוקף.
בשנה שעברה כשניים משלושת מיליארדי השקלים ששולמו על נסיעות בתחבורה ציבורית שולמו במזומן, וכך גם חלק משמעותי מטעינות כרטיסי הרב-קו, מה שיחייב שינוי הרגלים. משרד התחבורה הציב אלפי עמדות אוטומטיות לטעינת הכרטיס באמצעות כרטיסי אשראי, ובעוד כחודשיים מתוכננות להיכנס לשימוש שלוש אפליקציות לתשלום על נסיעות באוטובוס וברכבת, שלא יחייבו טעינת כסף מראש. המהלך תוכנן לאפריל ונדחה בגלל המשבר.
המדינה תתקין מכשירי תיקוף במאות אוטובוסים נוספים שיאפשרו העלאה מאחור, אך החשש הוא שהמהלך יגביר את כמות הנוסעים שמתחמקים מתשלום, ויביא את הסכום שמפעילי התחבורה הציבורית מפסידים ל-450 מיליון שקל בשנה.
שינויים נוספים חלו בקווי הרכבת: הקו הישן לירושלים (לתחנת מלחה) וקו באר־שבע-דימונה היו הראשונים שהפעלתם הופסקה במשבר, והם לא ישובו לפעול עם חזרת הרכבת לפעילות, ואין כרגע כוונה להחזירם. מדובר בקווים מעוטי נוסעים, ולפי דוח מבקר המדינה, בקו לדימונה משתמשים בממוצע שבעה נוסעים ביממה.
ברכבת ישראל השקיעו 300 מיליון שקל בתקופת הסגר בהאצת חשמול המסילות מירושלים להרצליה ומאשקלון לרעננה, בשיפוץ תחנות ובהכנסת ציוד שהיה חסר לצורך טיפולים לשיפור אמינות הציוד של הרכבת, שרוב הקטרים שלה בני 20 שנה ויותר.
הרכבת תחל לפעול ביום ראשון הקרוב, כאשר הקטע בין נתניה לסבידור בת"א יהיה סגור ובמקומו יופעלו שאטלים. ביום ראשון הבא יתחיל לפעול הקו החשמלי מירושלים עד סבידור, ומ-1 ביוני ייפתח הקטע הסגור מצפון לת"א. הרכבת לא תפעל כרגע בשישי ובמוצ"ש. האוטובוסים ישובו לפעול השבוע בשישי ובמוצ"ש, אך ללא הקווים הבין-עירוניים.
ההגבלה ל-20 נוסעים באוטובוס שקבע משרד הבריאות, פיצוי מפעילות התחבורה הציבורית, שכירת נהגים ואוטובוסים מחברות פרטיות לתגבור השירות ומימון החזרים לרוכשי חופשי חודשי בתקופת ההשבתה צפויים להסתכם בכ-2 מיליארד שקל מעבר לתקציב הסובסידיה השנתית לתח"צ, שעומד על 10 מיליארד שקל. כ-200 מיליון שקל שנחסכו בהשבתת התח"צ הועברו למערכת הבריאות.
