בעקבות המלחמה, במחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש) הונחו לצמצם את פעילות היחידה ולהתמקד בטיפול בתיקי מעצר בלבד, תוך הקפאת הטיפול השוטף בתיקי החקירה המתנהלים. כך נודע ל-ynet.
כך למשל, במסגרת אחד התיקים, עדכנה נציגת מח״ש את בית המשפט כי "בעקבות מלחמת 'שאגת הארי' עבודתה של מח״ש הוגבלה ופעילותה צומצמה לתיקי מעצר בלבד, וזאת בהנחיית הנהלת משרד המשפטים״.
ל-ynet נודע עוד כי בתיק חקירה שבו נחקר שוטר בחשד לעבירות של סחיטה באיומים, ירי בשטח פתוח ושימוש לרעה בכוח המשרה, לא אושר לצוות החוקרים להגיע למשרדי היחידה לצורך פריקת מכשירו הנייד והוצאת המידע ממנו. זאת, כאמור, בשל המלחמה מול איראן וחיזבאללה.
גורמים המעורים בפרטים אמרו כי ״ההחלטה עלולה להביא להתמשכות ההליכים בתיקים מתנהלים, לעיכובים בחקירות ואף לפגיעה הן במיצוי הדין והן בזכויות החשודים״.
רק לפני כמה ימים נמתחה ביקורת ציבורית על ההתמהמהות בחקירת הירי בארבעת בני משפחת עודה הפלסטינית, שנורו למוות ברכבם על ידי צוות מסתערבים בכפר טמון שבשומרון. מאותו ירי נהרגו ההורים ושניים מילדיהם, בני 5 ו-7. במח״ש, נכון לעכשיו, הסתפקו באיסוף עדויות, בין היתר מדוחות הפעולה של הלוחמים, אך נמנעו מזימונם לחקירה או מגביית עדות פתוחה שתשפוך אור על נסיבות האירוע החריג.
ממח"ש נמסר בתגובה: "הטענה אינה נכונה. לאורך מבצע 'שאגת הארי' המשיכו חוקרי מח"ש בעבודה על כלל התיקים".
