בהחלטת הוועדה המייעצת למינויים לתפקידים בכירים לאשר את מועמדותו של אלוף רומן גופמן לתפקיד ראש המוסד הבא, בלטה במיוחד ההתנגדות של ראש המוסד הנוכחי דדי ברנע למהלך. ברנע, שצפוי להעביר את השרביט למחליפו המיועד ביוני הקרוב, ציין בוועדה בהתייחסותו לגופמן: "כל הערה פיקודית פוסלת קידום, בוודאי מינוי לראשות המוסד".
ברנע התייחס בחוות דעתו המקצועית להחלטתו של גופמן, בעת שכיהן כמפקד אוגדה 210, להפעיל באמצעות פקודיו את הנער אורי אלמקייס, שהיה אז בן 17, כסוכן מודיעין ב"מבצע השפעה" מחוץ לנהלים המקצועיים המקובלים של יחידה 504 ("עוצבת המודיעין האנושי" באמ"ן). בעקבות כך נרשמה לגופמן הערה פיקודית על-ידי מפקד פיקוד הצפון דאז אלוף במיל' אמיר ברעם.
לפי הוועדה שאישרה את מינויו של גופמן לראש המוסד ה-14, "התייחסותו (של ברנע) הייתה להפעלה באופן כללי, מפני שאת פרטי המקרה הוא איננו מכיר". ברנע ציין: "אתם מכירים את הקיים, אני לא נכנס לזה, אני רק שואל את השאלות".
בהודעת הוועדה ציינה הוועדה כי לפי ברנע: "הפעלה היא מקצוע. זה ידוע בצבא. כשבאים לעשות הפעלה יש לבחון קודם כל מה המשמעות של ההפעלה, ושנית - מי המופעל. יש יחידה אחת בצבא, קוראים לה 504, שהיא עוסקת בהפעלה כשמפקד מחליט לעבור על הנהלים של הצבא, על החוק הצבאי, ולהחליט לעשות דין לעצמו ולעשות משהו שהוא אינו אמור לעשות, יש לכך משמעויות רבות מאוד".
הוועדה ציינה כאמור כי "מבחינתו של ברנע, כל הערה פיקודית פוסלת קידום, בוודאי מינוי לראשות המוסד". עוד ציינה הוועדה כאמור כי לפי ברנע, "מבחינתו כל הערה פיקודית פוסלת קידום, בוודאי מינוי לראשות המוסד. ברנע ציין: "אני יודע רק דבר אחד - הערה פיקודית יש לה משמעות עצומה בצבא. גם במוסד".
הוועדה ציינה כי לפי ברנע, "הוא נמנע מלתת הערה פיקודית, כי כשהוא נותן הערה פיקודית יש לזה עומק, יש לזה משמעות. במקרה היחיד שנתן הערה פיקודית, זה היה לרח"ט, תפקיד של תת אלוף, וההערה הביאה לפרישתו לאחר שנתיים". עם זאת, ברנע הודה בפני הוועדה שאינו יודע מה ההשפעה של הערה פיקודית בצבא, אך לדבריו יש הערה פיקודית שאין לה סנקציה לעצור קידום, וזה בסדר.
לאחר ששמע מהוועדה שאלוף פיקוד הצפון העמיד את גופמן לדין משמעתי, אמר ברנע כי "יש לזה משמעות ויש לזה הרבה מאוד דברים". לפי הוועדה, ברנע גם הוסיף שהוא רואה בעניין זה "מישהו שמנצל את כוחו לרעה, זה בוודאות". לפי הוועדה, "אפילו אם הדבר נמשך שבועיים אז אחרי ההחלטה הראשונית שעשה טעות היה צריך לחשוב על כך, גם אם הטעות לא התגלתה באותו שלב".
גיבוי מזמיר
מנגד, הרמטכ"ל רב-אלוף אייל זמיר תמך במינויו של גופמן. הוועדה ציינה כי "לדעת הרמטכ"ל, המכיר את אלוף גופמן שנים רבות, הוא בהחלט חושב שהוא עשה מסלול שירות צבאי מפואר, אדם מצוין וראוי מכל בחינה שהיא. הרמטכ"ל סבור שאם לא היה מסוכם לתפקיד הזה, אז בהחלט היה ראוי ונכון להתקדם לתפקידים משמעותיים בצה"ל לצמרת הכי בכירה ואולי בעתיד גם לרמטכ"ל. בוודאי".
עוד ציינה הוועדה כי "לשאלה אם לאחר שראה את החומר לא מצא בו בעיות, השיב הרמטכ"ל כי הוא לא נתקל בדברים. הנזיפה לא נרשמה ולא תועדה, אך אלוף גופמן אמר לו שהייתה הערה פיקודית. הוא עצמו לא היה רואה את זה בחומרה יתרה. כיום המצב שונה, מבחינתו של הרמטכ"ל, כשהוא נכנס לתפקיד הפרשה כבר נסגרה, הוא המליץ על גופמן להיות המזכיר הצבאי של ראש הממשלה. אם עכשיו זה עומד לבחינה חוזרת - בכך תחליט הוועדה".
שלושה חברים בוועדה - טליה איינהורן, דניאל הרשקוביץ ומשה טרי - תמכו במינוי של גופמן לראש המוסד. יו"ר הוועדה, נשיא בית המשפט העליון בדימוס אשר גרוניס, התנגד ונותר בדעת מיעוט. "אין זה מן הראוי למנותו לתפקיד ראש המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים", כתב השופט גרוניס.
בהתייחסו לפרשת הפעלת הנער אלמקייס, ציין גרוניס: "אני בספק שגופמן לא ידע שהאוגדה הפעילה קטין. ברם, לצורך הדיון יוצא אני מהנחה שתא"ל גופמן לא ידע זאת. מאחר שהפעלתו של אזרח ישראלי קטין הינה פגם חמור ביותר מהיבט ערכי-מוסרי, הרי מדובר בפגם משמעותי מבחינת 'טוהר המידות' שיש לייחסו לגופמן".
הסתייגותו של גרוניס מהמינוי עלולה להעיב על כניסתו של גופמן לתפקיד ראש המוסד בתקופה כה רגישה מבחינה ביטחונית. בנוסף, דעת המיעוט של נשיא העליון בדימוס יכולה להשפיע על החלטת בג"ץ במקרה של עתירות נגד המינוי. גרוניס נפגש כמה פעמים עם ראש הממשלה בנימין נתניהו וניסה לשכנעו לרדת מהמינוי, אך ראש הממשלה התעקש ללכת על הסוף וחתם על כתב המינוי למשך חמש שנים.
