העברת ממצאי חקירת פרשת הפצ"רית והדלפת הסרטון משדה תימן ליועצת המשפטית של משרד המשפטים יעל קוטיק במקום ליועצת המשפטית לממשלה גלי בהרה-מיארה, מציתה מחדש מחלוקות משפטיות וחוקיות. עד כה בהרב-מיארה הורחקה מהחקירה בשל חשש לניגוד עניינים, אך לאחר שקבע היועץ המשפטי למשטרה אלעזר כהנא שלא הייתה מעורבת בהדלפה, החוק קובע כי יש להעביר את החומרים להכרעת גורם המוסמך - הגדרה שקוטיק לא עונה לה. קוטיק תכריע רק אם הוסר ניגוד העניינים שמנע את טיפולה של בהרב-מיארה בתיק.
בעיה נוספת שנחשפה בעבר היא מעמדה הפורמלי של קוטיק בתפקידה המקצועי לצד מעמדה הלא פורמלי כמקורבת לשר המשפטים יריב לוין. בינתיים, החלטת המפכ"ל, רב-ניצב דני לוי, להעביר אליה את ההכרעה בתיק מכילה בתוכה הנחה שהחקירה לא בהכרח הסתיימה, שכן ציין כי אולי ידרשו השלמות חקירה. כך, נותר פתח חוקי למשטרה, שכן במקרה כזה היועמ"שית שוב לא תוכל להיות מעורבת - ושוב נותרת השאלה מי יהיה הגורם שילווה את החקירה.
בעיתון "הארץ" דיווח לפני כשלושה חודשים כי קוטיק הסתירה בפני הוועדה המקצועית שבחנה את מינויה לתפקיד שקיים קשר חברי בין בעלה, אילון קוטיק, לבין לוין. לפי הדיווח היא לא הצהירה על הקשר בהסדר ניגוד העניינים שלה וגם לא דיווחה שאחיה, פעיל ליכוד מרכזי, בקשר עם שר המשפטים.
מקורות משפטיים בכירים ששוחחו עם ynet הסבירו כי החלטת המפכ"ל יוצרת תסבוכת חוקתית ופוליטית. פסק הדין של בג"ץ שהתיר ללוין למנות "חוקר מיוחד" שילווה את חקירת הפצ"רית הסתמך גם על חוות דעתה של היועצת המשפטית של משרד המשפטים, שהצביעה על חשש לניגוד עניינים מצד בהרב-מיארה.
גורמים בקואליציה, בראשם השר לוין והשר לביטחון לאומי איתמר בן גביר, טענו שבהרב-מיארה ידעה על הדלפת הסרטון משדה תימן ולכן היא מנועה ממעורבות בחקירה. בג"ץ קבע במפורש ששר המשפטים יכול למנות "מלווה" לפרשה שיפקח על חקירת המשטרה בשל הרחקת היועמ"שית. לוין לא הצליח למנות מלווה מכיוון ששני השופטים בדימוס שרצה למנות לא עמדו בתנאי הסף שהציב בג"ץ, ואחרים שקיבלו הצעות מצידו סירבו.
לצד זאת, קבע בג"ץ כי בהרב-מיארה לא תהיה מעורבת רק בכל הקשור לחקירה. כמו כן, צוין כי אם יתברר שהיא לא מעורבת - כפי שאכן קרה - ממצאי החקירה יעברו אליה ואל הפרקליטות לצורך קבלת החלטה סופית אם להעמיד את הפצ"רית לשעבר לדין. גורמים משפטיים בכירים הסבירו כי בשלב זה היה המפכ"ל צריך להעביר את החומר להכרעת היועמ"שית ופרקליט המדינה עמית איסמן כפי שהחוק מצווה.
הסמכות להעברת חומרי חקירה לגורמי התביעה מוסדרת בחוק סדר הדין הפלילי, שקובע כי לאחר שהמשטרה ניהלה חקירה עליה להעביר את הממצאים לתובע מוסמך: פרקליט מחוז או תובע משטרתי. בדין אין הסמכה למי שלא חוסה תחת מטריית הייעוץ המשפטי לממשלה לנהל הליכים פליליים ולשקול הגשת כתבי אישום, לא כל שכן להגיש אותם. לכן, מי שיכול להכריע בעניין ההעמדה לדין של פרקליט צבאי ראשי הוא היועץ המשפטי לממשלה.
בהרב-מיארה אימצה את עמדת היועצת המשפטית של משרד המשפטים בנוגע לחשש לניגוד עניינים, והדירה את עצמה ואת אנשי לשכתה מליווי החקירה - עמדה שאומצה גם בבג״ץ. אולם החלטת המפכ״ל להעביר את ממצאי החקירה ליועצת המשפטית קוטיק, המקורבת לשר המשפטים, מעוררת מחדש את החשש כי לוין ינסה באמצעותה, למנוע את חזרתה של בהרב-מיארה לטיפול בתיק ואף לעכב את המשך החקירה, נוכח טענתו - בדומה לבן גביר - כי היועמ״שית הייתה מעורבת בפרשה.
על רקע המשבר החוקי המתמשך, אמר היום גורם משפטי בכיר כי "נראה שגם הפעם יידרש בג"ץ להכריע בסוגיה ואכן הוא אמור להכריע בעניין הכללי של מינוי תובע מיוחד בחודש מאי".
