מנהלת ההתיישבות החלה את עבודתה במרץ 2023 כחלק מההסכמים הקואליציוניים של הממשלה שקמה, אך משום שמדובר היה בגוף שאינו רשמי, בקרב מובילי המהלך היה חשש כי כל שר או ממשלה אחרת שיקומו יוכלו לפרק את המנהלת.
הבוקר (רביעי) הודיע שר האוצר בצלאל סמוטריץ' כי בשיתוף עם משרד הביטחון ונציבות שירות המדינה, הוחלט על קיבוע של מנהלת ההתיישבות כגוף רשמי במשרד הביטחון. סמוטריץ', שמשמש גם כשר במשרד הביטחון, הודיע כי המנהלת תפעל גם לאחר מערכת הבחירות הקרובה, וכי תוארך כהונת סגן ראש המנהל האזרחי הלל רוט מארבע שנים לשש שנים, כך שימשיך בתפקידו גם לאחר מערכת הבחירות.
ההחלטה לקבע את מנהלת ההתיישבות ואת תפקיד סגן ראש המנהל האזרחי מחזקת את המהלכים של סמוטריץ' לחיזוק וקיבוע מעמד ההתיישבות וההתנחלויות ביהודה ושומרון, "תוך שימת הדגש על הפן האזרחי בחיים ביו״ש ולא רק על המרכיב הביטחוני, גם לאחר הבחירות", כך לפי הודעת השר. המנגנון שהקים סמוטריץ׳ היה זה שקבע למעשה את הטון בשטח בשנים האחרונות, כלומר אילו תוכניות יקודמו ויאושרו ואיפה יוקמו חוות ויישובים, וכן נושא האכיפה מול הבניה הבלתי חוקית.
המניע המרכזי למהלך הוא החשש הגובר במערכת הפוליטית והתיישבותית מפני פירוק המנגנון שהקים בצלאל סמוטריץ', אותו מנגנון שהוביל בשנים האחרונות את השינויים הדרמטיים בתחום ההתיישבות והמנהל. החשש הוא כי עם חילופי השלטון, הסמכויות המשפטיות והתכנוניות שהוצאו מהמנהל האזרחי יוחזרו אליו, והמגמה תשונה כליל.
לכך מתווסף נתון מפתח חיוני. טרם מונה מחליף לראש המנהל האזרחי הנוכחי, תת-אלוף הישאם איברהים, שסוכם כי יעבור לכהן כמזכירו הצבאי של שר הביטחון. זהותו של ראש המנהל הבא תהיה קריטית להמשך תפקודו של המנגנון שנבנה בייחוד בתרחיש שבו יו"ר "הציונות הדתית" לא יהיה חלק מהקואליציה הבאה ולא יחזיק בסמכויות אלו. יחד עם זאת יש לציין כי ההחלטה של סמוטריץ' הפיכה בשלל דרכים, גם אם מאתגרות, עבור כל ממשלה אחרת שלא תרצה לעבוד עם מנגנון המנהלת.
כך גם בנושא הארכת כהונתו של סגן המנהל האזרחי: הארכה זו מקדמת את חזונות של סמוטריץ' לאזרוח מלא של המנהל האזרחי, והופך אותו אט-אט לגוף עצמאי שאינו תלוי כלל בגורמי הביטחון.
הקיבוע של מנהלת ההתיישבות וסגן ראש המנהל האזרחי בוצע כאמור על ידי סמוטריץ׳ ובתיאום עם משרד הבטחון ונציבות שירות המדינה, והיא התקבלה בהחלטה של ועדת השירות של נציבות שירות המדינה, בראשותו של נציב שירות המדינה דורון כהן. מהלכים אלו קורים בעיקר בגלל תפקידו של סמוטריץ' כשר במשרד הביטחון ויחסיו הקרובים עם שר הביטחון ישראל כ"ץ.
המהלך קודם בעת הזו בשת חשש בימין כאמור מפני ממשלה שתקום ותהפוך או תנטרל החלטות שהתקבלו בממשלה הנוכחית. אומנם אין הכרזה רשמית מטעם ישראל על החלת ריבונות ביהודה ושומרון, אך המהלך של סמוטריץ' נתפס כעוד שלב במה שנקרא בפי הציבור ריבונות ״דה פקטו״.






