הפינגווין הקיסרי נכלל כעת ברשימת המינים הנמצאים בסכנת הכחדה, לפי רשימה חדשה שפרסם האיגוד הבינלאומי לשימור הטבע ומשאבי הטבע (IUCN). לפי האיגוד, אוכלוסיית הפינגווינים הקיסריים תצטמצם בחצי עד שנות ה-80 של המאה ה-21 בעקבות ההתחממות הגלובלית הגורמת לנסיגת שכבות הקרח באנטארקטיקה.