היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, קיבלה לדבריה מכתב חסוי ו"מהותי" מראש המוסד דדי ברנע באשר למינויו של האלוף רומן גופמן למחליפו. לדבריה, באותו מכתב מציג ברנע "את הייחודית של הארגון שהיא רלוונטית לאופן בחינת טוהר המידות על-ידי הוועדה". היועמ"שית הוסיפה כי אותו מכתב חסוי יוצג בפני שופטי בג"ץ "במעמד צד אחד ובדלתיים סגורות".
ל-ynet נודע כי בחוות דעתו נגד המינוי של גופמן, ברנע סבור כי בשל החשאיות המופלגת של המוסד - שעובד בעיקר בחו"ל ומדווח על פעולותיו בעיקר לראש הממשלה - יש להקפיד הקפדה יתרה על ניקיון כפיו של העומד בראש הארגון.
למוסד אין חוק ייעודי שמתוכו הוא פועל ואין עליו פיקוח אפקטיבי, למעט פיקוח על ניהול הכספים שלו דרך מבקר המדינה. לכן סבור ברנע כי נדרש במיוחד שראש המוסד יהיה איש שומר חוק, בעל יושרה ואמין - כולל בכל הנוגע למסירת דיווחי אמת לממונה הישיר שלו, ראש הממשלה, שאיתו הוא עובד בצמוד. לאור הדברים האלה, ברנע רואה בחומרה את התנהלותו של גופמן בפרשת הפעלתו ומעצרו של הנער אורי אלמקייס שלא על פי הנהלים.
במסגרת הפרשה, נזכיר, בזמן שגופמן היה מפקד אוגדת "הבשן" (210) הוא אישר לשני אנשי מודיעין להפעיל את אלמקייס, שהיה אז נער בן 17. השניים שלחו לו ידיעות מסווגות וביקשו שיפרסם אותן בעמודים שהפעיל ברשת בניסיון לייצר "מבצע השפעה" - אף שלא הוסמכו לכך. בהמשך נעצר אלמקייס על ידי שב"כ בחשד לפרסום ידיעות סודיות, הוחזק במשך כחודשיים בבידוד, הואשם בהמשך בעבירות ריגול ולבסוף נכלא למשך יותר משנה - כל זאת מבלי שגופמן או מי מטעמו אומרים כי הם שהורו לו לעשות כן. גופמן ופקודיו מעולם לא נחקרו במסגרת הפרשה, ולא לקחו עליה אחריות. הם תושאלו במסגרת בדיקה פנימית של צה"ל, ובסופה ננזפו נזיפה פיקודית.
לטענת ברנע, הפעלה היא תחום מקצועי שמחייב הקפדה על נהלים מחמירים, וחשוב כי כל הפרה שלהם תגרור השלכות משמעותיות. גם בעדותו בוועדת גרוניס הדגיש ברנע כי "יש משמעות" לעצם ההערה הפיקודית שנתן אלוף פיקוד הצפון לגופמן. הוא הדגיש כי הערה פיקודית היא בעלת משמעות עמוקה, ולעיתים אף פוסלת קידום, וציין כי הוא רואה בחומרה מצב שבו מפקד פועל בניגוד לכללים ואף "מנצל את כוחו לרעה". הוא אף הדגיש לגבי גופמן עצמו כי הוא "רואה בעניין זה מישהו שמנצל את כוחו לרעה. זה בוודאות".
חברי הוועדה סירבו להיפגש עם אלמקייס ולשמוע את טענותיו. היועמ"שית ציינה כי קיימים גם פערים בין מה שאמר הרמטכ"ל רב-אלוף אייל זמיר לוועדה על גופמן, לבין מה שחבריה טענו שאמר.
