במערכת המשפטית והפוליטית צופים שיהיה קושי משפטי להגן על המינוי של האלוף רומן גופמן לראש המוסד- מינוי שאושר בוועדה למינויים בכירים, אך צפויות להיות בעניינו עתירות לבג"ץ. ההערכה היא ששוב מערכת המשפט תדבר בפני בג"ץ בשני קולות: הגנה על המינוי של פרקליטים מטעם ראש הממשלה בנימין נתניהו, למול התנגדות למינוי של היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה ומחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה.
לפי שעה, מסתמן כי מחלקת הבג"צים תטען שלאור דבריו של יו"ר הוועדה למינויים בכירים, נשיא העליון בדימוס אשר גרוניס, שלפיו המינוי פוגע בטוהר המידות - ישנם קשיים משפטיים משמעותיים במינויו של גופמן. מנגד, יסתמך ראש הממשלה על עמדת יתר חברי הוועדה - פרופ' טליה איינהורן, דניאל הרשקוביץ' ומשה טרי - שקבעו שיש למנות את גופמן וציינו כי "אין אמת בטענה שהוא שיקר בחקירת הפעלתו של הסוכן אורי אלמקייס, הכחיש את מעשיו, שינה גרסאות או הפקיר אותו".
השופט גרוניס טען כי נפלו פגמים בטוהר המידות להם אחראי האלוף גופמן בפרשה. בדעת המיעוט שלו כתב: "אין זה מן הראוי למנותו לתפקיד ראש המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים". הוא התייחס לפרשת הפעלתו של אלמקייס: "אני בספק שגופמן לא ידע שהאוגדה הפעילה קטין. ברם, לצורך הדיון יוצא אני מהנחה שתא"ל גופמן לא ידע זאת. מאחר שהפעלתו של אזרח ישראלי קטין הינה פגם חמור ביותר מהיבט ערכי-מוסרי, הרי מדובר בפגם משמעותי מבחינת 'טוהר המידות' שיש לייחסו לגופמן".
כפי שנחשף ב-ynet, גם היועצת המשפטית לממשלה בהרב-מיארה הציפה בפני ועדת גרוניס קושי משפטי בקשר למינוי גופמן. לפני כמה שבועות גרוניס פנה ביוזמתו לבהרב-מיארה במטרה לבדוק את עמדתה באשר לטוהר המידות של גופמן.
בהרב-מיארה התייחסה גם היא לסוגיית טיפולו ודיווחיו של גופמן בפרשת אלמקייס, והציפה את הקשיים המשפטיים שהתגלו בטיפול גופמן בפרשה. לעמדת היועמ"שית בנושא יש חשיבות מרכזית. ההערכה היא שכעת, לאחר אישור המינוי, יהיו עתירות לבג"ץ, והעובדה שגרוניס ובהרב-מיארה מסויגים מהמינוי יכולה להיות משמעותית ביותר.
גם הרמטכ"ל רב-אלוף אייל זמיר וראש המוסד הנוכחי דדי ברנע הביעו את דעתם בפני הוועדה, טרם האישור. בעוד זמיר תמך במינוי גופמן, ברנע התנגד למינוי בטענה ש"כל הערה פיקודית פוסלת קידום - בוודאי מינוי לראשות המוסד". לאחר ששמע שגופמן הועמד לדין משמעתי, אמר ברנע כי "יש לזה משמעות", והוסיף שהוא רואה בעניין זה "מישהו שמנצל את כוחו לרעה".
