אין שינוי בעמדת חברי ועדת גרוניס לגבי מינוי רופן גופמן לראש המוסד, גם אחרי חוות הדעת המשלימה: שלושה מחברי הוועדה למינויי בכירים - דניאל הרשקוביץ, משה טרי וטליה איינהורן - קבעו לאחר שקיבלו את חוות הדעת שדרש בג"ץ - כי "לא נפל דופי בטוהר המידות של האלוף רומן גופמן".
מנגד, גם ראש הוועדה - השופט בדימוס אשר גרוניס - ממשיך להחזיק בדעתו ההפוכה, וקרא להמשיך לבדוק את הנושא. הוא כתב כי הוא "מודע לכך שראש המוסד הנוכחי דדי ברנע מסיים את תפקידו בימים הקרובים וכי הכוונה היא שהאלוף גופמן ייכנס לתפקידו ב-2 ביוני. דומני שקיימות דרכים שאדם אחר יכהן בתפקיד לתקופת ביניים קצרה".
בעדותו, שאותה ציטטו חברי הוועדה, אמר גופמן כי "המכתב של ראש המוסד ברנע, שמתבסס בגדול על 'עובדות' שאינן עובדות, גורם לי נזק ברמה הבינלאומית".
על הנער שהופעל אורי אלמקייס אמרו שלושת חברי הוועדה כי "לא הביא בפני הוועדה בדל ראיה שגופמן היה מודע לזהותו לפני ששמו נודע לתקשורת. הטענות הרבות שהעלה בפניותיו ובפני הוועדה – במישרין כלפי רס"ן צור ובעקיפין כלפי גופמן - היו משוללות כל יסוד".
רוב חברי הוועדה כתבו בנוסף כי "האשמה העיקרית שגופמן היה היוזם של העברת כל החומרים המסווגים לאלמקייס מיחידות שונות בצה"ל משוללת יסוד. לא היה ביכולתו של גופמן למנוע את המעצר של אלמקייס, וגם האשמה שכביכול גופמן הפקיר אותו – משוללת יסוד".
בהחלטה נכתב, "אלמקייס לא הביא בפני הוועדה בדל ראיה לכך שהאלוף רומן גופמן היה מודע לזהותו באיזשהו שלב קודם ששמו נודע לתקשורת.. האלוף רומן גופמן אישר לרס"ן צור להעביר ל'בלוגר', שאת זהותו לא ידע וגם לא הכיר את ערוץ התקשורת המשמש את הבלוגר, ידיעות שכבר פורסמו בסמכות וברשות בערוצי תקשורת".
הוועדה התייחסה לטענה שלפיה הודלף לאלמקייס מידע מסווג וכתבה: "הבדיקה היסודית הנזכרת נעשתה כדי לאמת שהפרסומים המסווגים שאותרו אינם במקור מידעים שהוצאו מצה"ל ברשות ובסמכות כחלק ממאמצי ההשפעה או ההונאה. מדובר על המאמץ למצוא עדות לפנייה לערוצי הטלגרם או לאנשים המוחשדים בדלף המידע; ברוח זאת הבינו רוב חברי הוועדה את התשובה השלילית של מפקד האוגדה לתא"ל ג', רח"ט הפעלה באמ"ן, שהציג לו את השאלה. מאחר שגופמן היה משוכנע שלא נעשתה שום מסירה של חומר מסווג מהאוגדה, תשובתו בעניין זה מובנת והיא הייתה גם נכונה".
הוועדה המייעצת העבירה לראש הממשלה בנימין נתניהו את חוות הדעת, ובלשכת נתניהו ציטטו את דברי רוב חברי הוועדה, שכתבו כי עמדתם "אף התחזקה לאור החומרים הנוספים שנמסרו לידיהם".
נתניהו אמר כי "הוא דוחה מכל וכל את דעת המיעוט שקבעה כי יש להמשיך ולבחון את הנושא, ואומר שנעשה לאלוף גופמן עינוי דין מיותר וההר לא הוליד אפילו עכבר". הוא הוסיף כי הוא "מצפה שבית המשפט העליון ידחה את העתירות ולא יעכב את כניסתו של האלוף גופמן לתפקיד מיד עם סיום כהונתו של ראש המוסד היוצא, בעיצומה של מלחמה בשבע חזיתות".
חברי הוועדה התכנסו בשנית לאחר שהחלטת בג"ץ חייבה אותם לכך. בג"ץ קבע כי עבודת הוועדה בדיון הראשון לקתה בחסר, והורו לוועדה לזמן את אורי אלמקייס, ואת תת-אלוף ג', ואחר כך להגיש חוות דעת עדכנית. בהחלטת בג"ץ נכתב, "עבודת הוועדה לקתה בחסר, ובכלל זה באי-חשיפה למסמכים רלוונטיים מזמן אמת ולעדויות ישירות של גורמים שהיו מעורבים בדבר. יש מקום שהוועדה תשלים את הליך הבדיקה ותגיש חוות דעת עדכנית ומנומקת לאחר שתשמע דברים מפי אורי אלמקייס ותא"ל ג' - בהתייחס לתצהיר שהגיש, כולל הנספח".
אורי אלמקייס, שכנער הופעל לטובת "מבצע השפעה" בעת שרומן גופמן שימש כמפקד אוגדה בפיקוד הצפון, העיד בפני הוועדה וחזר על עמדתו שלפיה גופמן הפקיר אותו לכן אינו ראוי לכהן כראש המוסד. לדברי אלמקייס ישנו חשש שתחת פיקודו של גופמן סוכן מוסד עלול להיות מופקר במדינת אויב. כאמור, חברי הוועדה שמעו את הדברים - וקבעו כי הטענה שלפיה גופמן הפקיר את אלמקייס "משוללת יסוד".
