המבצע בחברון, שהחל בעקבות הפיגוע הקטלני שבו נהרגו שני לוחמי צה"ל בפיגוע ירי בצומת סמוך לעיר, הפך גם הוא למוקד מחלוקת בין צמרת צה"ל לדרג המדיני, רגע לפני הבחירות מחר. בעוד כוחות אוגדה 98 ממשיכים בפעילות עצימה הכוללת סריקות לאיתור אמצעי לחימה, מעצר חשודים, פינוי תושבים והריסת מבנים בלתי חוקיים, בצה"ל סבורים כי לנוכח התוצאות המבצעיות הדלות עד כה, יש לבחון מחדש את הצורך בהמשך הפעולה במתכונתה הנוכחית.
לפי גורמים המעורים בפרטים, בדיון שהתקיים בין צמרת צה"ל לדרג המדיני, בהשתתפות ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון ישראל כ"ץ, הציג הרמטכ"ל את עמדתו שלפיה הגיעה העת לסיים את המבצע. אלא שראש הממשלה ושר הביטחון הסתייגו מהעמדה - והורו להמשיך בפעילות. בסופו של דבר, עמדת הרמטכ"ל לא התקבלה, והוחלט להמשיך במבצע.
פעילות צה"ל ביהודה ושומרון
(צילום: דובר צה"ל)

פעילות כוחות צה"ל לאיטום בתי המחבלים מהפיגוע בחברון
פעילות כוחות צה"ל לאיטום בתי המחבלים מהפיגוע בחברון
פעילות כוחות צה"ל בחברון
(צילום: דובר צה"ל)
בצה"ל מצביעים, בין היתר, על הקושי המשפטי שבהשארת תושבים פלסטינים מחוץ לבתיהם לאורך זמן, במיוחד כאשר הפעילות אינה מניבה הישגים מבצעיים משמעותיים. עד כה ביצעו הכוחות מעצרים ואיתרו מספר מצומצם של פריטי אמל"ח, אך לא נמצאו אמצעי לחימה חריגים או כמויות נשק בהיקף נרחב. 
מנגד, בדרג המדיני מציגים תמונה אחרת. לשיטתם, העובדה ששני המחבלים שביצעו את הפיגוע הגיעו כשהם מצוידים בנשקים אוטומטיים ובתחמושת רבה מחייבת את צה"ל להמשיך בחיפושים ולאתר אמצעי הלחימה במרחב. לצד זאת, טוענים כי המשך המבצע ייצר הרתעה. גורמים במערכת הביטחון מסבירים כי עצם כניסת כוחות צה"ל לפעילות נרחבת בחברון מייצרת אפקט תודעתי בקרב הפלסטינים, בפרט משום שמדובר בכניסה לעיר פלסטינית כמו חברון ולא למחנות פליטים כפי שקרה במחנות ג'נין - נור א-שמס וטולכרם. 
המחלוקת הנוכחית מזכירה את המבצע שקיים צה"ל במחנה הפליטים קלנדיה רק באוגוסט האחרון. אז הגדיר הצבא את מטרות הפעולה כפגיעה בגורמי טרור, בתשתיות טרור. גם באותו מקרה דרש שר הביטחון לקדם מבצע רחב היקף, ואף העלה מחדש את האפשרות להשתלט על מחנה פליטים נוסף, בדומה לפעילות שביצע צה"ל בג'נין, בטולכרם ובנור א-שמס.
בצה"ל אמרו כי יש תכניות לכל מחנה פליטים, אך לא דרכו את המערכת לביצוע הפעילות בשל היעדר צורך מבצעי. נזכיר כי גם סביב הסוגיה של היפוך קנים הייתה מתיחות. אז פרס שר הביטחון כ"ץ את תוכנית צה"ל למקרה של היפוך קנים. תוכנית רחבה ואגרסיבית מאוד. בנקודת הזמן ההיא לא היה הבנה מודיעינית כי הפנים הם להסלמה כזו בגזרת יו"ש. 
הערכת מצב ביטחונית על מרחב יהודה ושומרון
הערכת מצב ביטחונית על מרחב יהודה ושומרון
עוד עימות בצמרת. בלוט, זמיר, כ"ץ ונתניהו
(צילום: מעיין טואף/ לע״מ)
חברון
חברון
הישגים מבצעיים דלים. כוחות צה"ל בחברון
(צילום: HAZEM BADER / AFP)
חשוב לציין כי הפעילות הממושכת במחנות הפליטים בצפון השומרון, אליה דחף בין היתר שר הביטחון ובוצעה על ידי אלוף פיקוד המרכז אבי בלוט, הובילה - לפי הערכות ביטחוניות - לירידה משמעותית בהיקפי הטרור באזור. עם זאת, המבצע בקלנדיה הסתיים לאחר יומיים בלבד, ולפי המידע הידוע עד כה לא הניב הישגים מבצעיים משמעותיים. כעת, גם בחברון עולה השאלה אם המשך הפעילות צפוי להביא לתוצאות נוספות, או שמא המבצע מיצה את מטרותיו המרכזיות.
אלא שהדיון על המבצע בחברון מתקיים בתוך מציאות ביטחונית רחבה ומורכבת יותר. בצה"ל מתמקדים בתקופה הנוכחית גם בניסיון למנוע את הפיגוע הבא, ובפרט פיגועים שמבצעים מפגעים בודדים בהשראת אירועים קודמים. במערכת הביטחון חוששים מפיגועי השראה והדבקה, שעלולים להתפתח בעקבות חשיפה להסתה ברשתות החברתיות ולפעילות צבאית בשטח. במסגרת זו, בפיקוד המרכז מרכזים מאמצים לאיתור מוקדם של איומים, לסיכול מפגעים ולמניעת התפתחותה של הסלמה שעלולה להגיע מכיוונים שונים.
בצה"ל מדגישים כי במציאות כזאת נדרשת פעילות מדויקת וממוקדת נגד הטרור, תוך בחינה מתמדת של התועלת המבצעית ושל השלכות הפעילות על השטח. החשש הוא שהסלמה עלולה להתפתח במהירות, ולכן נדרשת התייחסות לא רק לאיומים הקיימים, אלא גם לתגובות שהם עלולים לעורר.
על הרקע הזה, המבצע בחברון ממחיש את המתח בין דרישת הדרג המדיני להמשיך בפעולה כדי להשיג הרתעה ולמצות את החיפושים אחר אמצעי לחימה, לבין עמדת צה"ל שלפיה יש לבחון אם התועלת המבצעית מצדיקה את המשך הפעילות ואת השלכותיה על האוכלוסייה המקומית.